塘栖设立巡检驻防机构始自宋代。宋初收藩镇权，略存少数置为监镇，离县城稍远的则设巡检寨。其时，塘栖仅称下塘，通向会城杭州的漕河尚未开浚，南北往来皆取道临平。

伍林（今称武林）港至杭州北新桥数十里间，三里漾、十二里漾等处风波唐突，支流歧出，河道浅窄处几乎不通舟楫，水陆交阻，盗贼出没，商民畏恐。

南宋绍兴年间（1131—1163年），两浙安抚使奏请朝廷，在伍林港口创设下塘巡检寨，“设寨官，置卒六十人”，俗称下塘寨，或呼伍林寨。

元朝至正十九年（1359年），张士诚军船往来苏杭，因旧河窄狭，自伍林港开拓至北新桥，又至江涨桥，阔二十余丈，称为新开运河。

明朝洪武初（1368年为洪武元年），改巡检寨为巡检司。

明代下塘巡检司曾驻青坡村，即水北大善寺之西（德清县界），有巡检司公厅三间、廊房二间、厨房一间、监房两司门一间。明隆庆三年（1569年），因伍林港冲要盐盗出没，下塘巡检司改徙伍林港。

明朝正统七年（1442年），自北新桥迤北而东，经塘栖至崇德石门修筑大河塘岸，沿河陆路沟通。明弘治二年（1489年），塘栖建造广济长桥，南北两岸贯通。至此，“河开矣，桥筑矣，市聚矣”，塘栖当为水陆孔道，逐渐成为仁和名镇，驰驿者亦从此舍临平而由唐栖。“泉货凑集，水利歧分”的塘栖也就成了“盗贼渊薮，昏夜行劫”的多患之地。

明嘉靖三十五年（1556年），督抚都御史胡宗宪、巡按都御史周斯盛会请朝廷，于塘栖增设杭州府水利通判厅，设通判一员，“治水利，主捕盗”，“开署祈堂庵之东”。初始，通判驻会城杭郡，于“嘉靖四十年（1561年）夏四月，移水利通判守唐栖”。据《唐栖志·梵刹》记载，曾经设有钟楼、显赫于世的祈堂庵旧址在镇东三分桥附近，依志书附载的古图所示，疑即20世纪中叶时的黄麻仓库、骨粉厂一带，水利通判厅署就在该庵东侧。

隆庆三年（1569年），新任通判罗星因水利通判厅署在墟墓丛薄间，与民居悬隔，遂报请诸当道准许，于西半里许水北梅家兜左侧，按原规制重建通判厅署。其地广四十步，南北四倍其广。于隆庆三年八月十七日至次年二月十五日间施工，隆庆五年（1571年）冬告旦启用。

南京通政司右通政使、郡人周诗撰《添设水利通判厅记》，通判罗星撰《添设总捕水利厅题名记》，塘栖镇乡宦士绅等各界一百余人署名见证，两块碑记竖于署内。

水利通判厅模型

据《唐栖志》所载，明代历任驻塘栖的水利通判为：杨绣，云南晋宁县人，升四川达州知州；杨旦，直隶休宁县人；薛璠，直隶江宁县人；罗星，湖广黄冈县人，升云南阿米州知州；赖守忠，江西丰城县人；王良用，江西吉水县人，升广西上思州知州；张宏毅，广东东莞县人，戊辰进士，升福建建宁府同知；高自冶，山西太原右卫人，辛未进士。

至明朝末年，塘栖水利通判厅署丛草茂长，久已不为驻防行部，其官员例驻会城，到时至塘栖查点保甲。

旧通判厅址，曾于清康熙五十六年（1717年）被德清县监生蔡某砍树运石，冒名侵占，经镇人迭控交涉始得复还。清乾隆辛未（1751年），故通判址建为昭恩碑亭（即今重建乾隆御碑处）。

乾隆御碑与水利通判厅遗址

清代初期，塘栖驻防厅久无廨宇，巡防则由水师拨兵舟次自杭州北关至塘栖，沿河巡哨，称为水兵队。清初由于“土氛未靖”，水兵不支弹压，经镇内士绅吁请，由水师调拨弁员兵丁，以千把总正副两员驻防塘栖，历十月更调。因例无衙署，驻防兵员借寓广济庵僧舍（庵址在长桥南堍）。

时久，庵宇颓圮，无款修葺，驻防人员则舟次往返杭城，来塘栖只能“一到而已”。

是时，连年荒歉，“宵小成群，白昼魍魉”。驻防姚焕章莅任，昼夜梭巡，窃盗远遁，镇人得以安宁。因驻防无室宇，久驻为难，镇民踊跃捐资，于广济院后修葺驻防厅署。日久，署屋颓废，驻防人员借寓仓桥大佛寺僧室。

清雍正初（1723年为雍正元年），水利通判奉裁，改设巡检司。乾隆初（1736年为乾隆元年），浙闽总督赫题设唐栖巡检司署，署址是仓桥已成废墟的明代社仓官地。于乾隆四年（1739年）五月始建，当年八月告竣。建有署大门三间，左为弓兵班房，右为书更房，中为门道；正堂三间，前为甬道；堂后穿堂一间，平房三间，内宅厨房一所。

咸丰庚申（1860年），太平天国军进塘栖时，署屋被毁。同治五年（1866年），重修一新。

塘栖巡检驻防官兵恪尽职守，甚至献身殉职，备受镇人敬重。《唐栖志》将三名清代驻防列为寓贤人物，记述他们的功德。他们是：

倪驻防，名君聘，由行伍受千总。顺治初，塘栖镇南渠盗出没焚掠，民不安生。倪公受郡大夫倚重，奉命守塘栖，常直捣贼巢，屡为流矢所伤，奋力不避，数月间四次躬探贼巢。顺治辛卯（1651年）秋，追贼至管山之隈，援兵未至，被伏贼所害。栖人痛惜，为之停舂罢市。

梅驻防，名鸿宇，盛京（即沈阳）人。康熙间土贼窃发。有太湖贼将犯塘栖，梅公迎剿于德清平政桥，用奇兵诱贼艘淖中，溺毙甚众，余贼北窜，镇以安。康熙十五年（1676年）六月，镇南山贼猖獗，镇人患之。梅公率兵奋剿于村路丛杂，误陷禾田，被贼枪伤而殁。镇人敛骸立冢树殉节碑，春秋祭祀。乾隆丙子（1756年），里人捐资，于广济院后驻防署建墓，便于祭祀。

姚驻防，名焕章，字炳恒，云间籍，性豪侠，重名节。乾隆丙子（1756年）秋莅任塘栖驻防，时窃匪为害，无人过问，商民交困。姚驻防以查缉捕盗为己任，昼夜梭巡，鼠辈绝迹。士民感怀，因驻防无室宇，遂捐资修葺署室。姚驻防“瓜期将代”，阖镇士民赴上台乞留，因无例可援而止。