太平军曾于咸丰十年(1860)和十一年(1861)两度攻打杭州,后于同治三年(1864)被迫撤出。咸丰十一年(1861)冬,太平军攻陷杭州城区。战火无情,蔓延之下,焉有完卵?很多家庭及财富瞬间破碎,丁家人也四散逃离,八千卷楼藏书遭重创,新旧图籍荡为烟云。近代学者陈训慈(1901—1991)在写丁丙与藏书的《丁松生先生与浙江文献》里提到丁家家宅房屋尽毁,所幸大多数子弟都安全逃出,丁丙只随身带出了祖父生前最喜爱、每天摩挲阅读的一本《周易本义》。这就是几代人辛苦积累的原八千卷楼藏书的最后结局。不过只要人还在,一书不灭就仿佛象征丁家家族文化精神始终不灭,终有一日家族藏书也还会复原。
战争中遭受严重损毁的除了杭州各文化家族的私人藏书外,还有孤山文澜阁的《四库全书》藏书。陈训慈特别提及“乱平之后,两先生即奋身以救护阁书。复慨然于旧家之中落,益锐志搜求,以阁目为本,以附存为翼,节食缩衣,朝蓄夕求。远自京师,近逾吴越,外及海国,或购或抄,随得随校。积二十余年,聚八万卷,较楼额已逾十倍。”说战事平息后,丁丙兄弟在奋不顾身救护文澜阁藏书外,因为自家藏书的毁于一旦,感同身受,特别感慨痛惜杭州文化家族在战争中的崩溃衰落命运包括家族藏书的散失毁损,于是恢复八千卷楼藏书的使命感更加强烈沉重。他们比以往更刻意有目的性地去搜求书籍,以凑齐“文澜阁《四库全书总目》”为首要目标,以搜全“《四库全书附存目录》”为次要目标。这期间,他们自己的日常衣食住行自律节省到近乎吝啬的地步,收藏书籍方面却毫不吝惜。他们像祖辈、父辈一样“朝蓄夕求”,远到京师,近遍江苏浙江一带,只要有好书,或购买或抄录都不放过,一得到书就进行校订。从战争结束后的1864年直到1888年(这一年也是文澜阁全书还巢完满之时),20多年时间里,丁丙、丁申等丁家人重新聚汇了八万卷书,不但比战前祖辈、父辈积累的藏书更多,而且比藏书楼名字“八千卷”更超十倍。这一过程中,丁丙等丁家人付出的心血、财富、毅力都不可估量,呕心沥血,披肝沥胆,可称奇迹,也可谓功德无限。
光绪十四年(1888),丁丙在检校家中藏书后,在城东头发巷丁家故庐外扩建藏书楼,筑起5间的嘉惠堂,正堂上悬挂着时任浙江巡抚谭钟麟(1822—1905)亲笔写的“嘉惠堂”匾额。之所以名“嘉惠”,是因为丁丙兄弟抢救文澜阁《四库全书》、复兴文澜阁的事迹被朝廷知晓后,光绪七年(1881)清德宗光绪下诏褒奖,有“洵足嘉惠士林”之语,说他们是真的给予杭州乃至天下士林(即读书人)以恩惠,所以丁家新藏书楼以此为名。可惜另一位功臣丁申已在前一年1887年去世了。
嘉惠堂之上就是新的八千卷楼,储存了《四库全书》所著录的书籍近3500种,排列顺序都遵照《四库全书》。《四库全书附存目录》所著录的书籍1500余种分藏楼的两厢。
嘉惠堂后又筑室5间,称“后八千卷楼”,规模与八千卷楼相同,储藏了《四库全书存目丛书》所著录的书籍以及较迟所出未被《四库》著录的书籍8000种。大型类书《古今图书集成》和《全唐文》也藏于此处。另外“后八千卷楼”还收藏有宗教类的释道藏、文艺类的传奇小说、科举参考类的制艺书等其他类型的书籍。
嘉惠堂后西边又另建“小八千卷楼”,上下3间,又名善本书室,专藏善本2000多种。其中宋元刊本200余种,有精抄孤行本,有经过旧日某藏书名家珍藏过的,有经过某位名儒校勘过的,整齐排列,难以计数,是丁家藏书精华所在。丁丙曾整理过自家的《善本书目》,可惜现在已散失不见,只留一篇他的自跋记录了收藏善本书的甘苦感慨: