迨民国开始，杭州中西医药相互比翼，循年而兴，至民国36年（1947），全市有中药店（行）98家，比民国元年40家增加1.45倍；参燕店13家，比民国元年3家增加3.33倍；西药房52家，比民国元年6家增加7.66倍；并有中医师439人，西医师185人，医院16所，药剂师（士）58人（《中国医药研究月报》第3期）。

民国初期，杭州中药业在九十六商中属于最古老的商业之一。有名气的大药店，大多数在清代中后期开设。规模较大的数大井巷的胡庆余堂、望江街的叶种德堂、焦棋杆的万承志堂、清河坊的方回春堂、同春坊的张同泰、荐桥的泰山堂，称杭州药业“六大家”。

方回春堂

大药店建筑结构都是明清时代的传统格局：宏伟的青砖石库门墙，进门回廊曲折，店堂宽敞高雅，药香四溢，沁人心脾。

民国时期，各大药店都是相互竞争的对手。比胡庆余堂早开66年（清嘉庆十三年开）的叶种德堂国药号，原是杭城首屈一指的大药店。

叶种德堂

万承志堂国药号，约开设于清光绪年间，居杭药“六大家”之第三位，与胡庆余、叶种德同称药业“三门市”（为行话，意即独家经营，不搞批发）。惜1937年抗战开始后，因药店细料房火灾受损惨重，从此倒闭，但《万承志堂丸散全集》作为炮炙著作还流传后世。

张同泰、方回春和泰山堂在民国期间都已是百年老店，同称杭城药店“三拆兑”，自制饮片、丸散，趸批给中小药店，批零兼营，各具特色，但其规模略逊，尤其在经济不景气时，只得以批发维持生计。

民国时期的中型药店遍及全市，经营品种略次于大店，价格从低，生意比较灵活，货款还可以赊欠，凭折记账，“三节”（端午节、中秋节和春节）结算。药店聘请较有名望的“郎中先生”（中医师）坐堂门诊，看病、撮药、煎送“一条龙”服务，药店与医师相得益彰。中型店也自制一部分丸散膏丹，主要是小儿化痰丸、回春丸、益母膏、枇把叶膏、八珍糕等比较常用的繁销品种，约有一二百种不等。有的中型店如湖墅天禄堂（今保健药店）、官巷口汤养元（今长春药店）、庆春街存仁堂（今红星药店）、孙泰和等，在市民中有一定信誉。

小药店星罗棋布，相当一部分药店不雇职工，或只收一二个学徒，属于“家养店”（外屋店堂，里面住家）。所售之药大多是大中药店挑落之货，质量差些，但价格低廉。这些店平日生意清淡，光顾者主要是附近贫民百姓，以桂皮、茴香、胡椒、膏药、皮硝、吊筋药等零配为主，并经售大中药店修制的丸散膏丹。上门买药者，多为头痛、发热、咳嗽、肚泻、妇女月经不调、小儿麻疹、出冷汗、成人腰痛等小病小痛患者，既不用挂号，也无需处方，用手抓几味药，花几只角子或几分钱，就可以治病。

杭州的专业参燕商店，原是中药行业中分离出来的，在晚清时期已有益元、老一元和久康等老字号开设。民国20年（1931）参燕（茸）店已有19家。

民国时期，杭州药材行都集中在望仙桥两侧沿河一带，以广大药行经济实力为最雄，由张沛生独资经营，在上海和大的产药省有办事处或联络点，最盛时，从业人员50余人，品种齐全，备货充足，抗战时期批发总额超过同行总和。其次是恒丰、五丰、恒大（阜泰）等药行。民国28年初开设于靴儿河下的广丰药行是后起之秀，在抗日内地做山货药材生意非常活跃，同行刮目相看。

大药店是药材行的主顾。上市药材第一批落行，一般都由名望较高的“行面先生”开头盘，然后请胡庆余堂、叶种德堂等大药店拣“头面货”。其时，在杭州各大药店的进货先生中，辨别药材真伪、优劣和路脚的高手，数叶种德堂的柴梅生、汤镜韦，胡庆余堂的俞绣章、桂正鑫等，他们只凭自己的鼻、眼、口、手直觉经验，就能分辨出犀角的真伪、羚羊角的阴阳面、珍珠粉的纯度、麝香的含量、冰片的品质等，同行无不为之折服。凡是进货先生验看合格的药材，都由刀床（切片）师傅拣货，所拣之品要求长短一样、粗细一样、老嫩一样、色泽一样。拣药人员的手同戥子秤一样准确，一块茯苓（神）拿在手中翻一翻，就掂出重量是否达到三钱的标准。

胡庆余堂

药行人员为了内部商议价格方便，一般都用暗码代替数字，从1到10，以“越、兄、杭、小、办、查、先、茂、千、郎”10个字代替，从学徒开始就要熟记应用。药行与药店进货先生协商价格，说的都是行话，外地山货客商和本地投售者，概莫能为。药行从中赚取利润，比市价高出三四成，有的甚至成倍以上，有时做了大店一笔生意，拣下来的剩货全是赚头。

清同治八年（1869），英国安立甘会（后改为圣公会）派密杜氏医师在杭州横大方伯行医传教，十年创立大方伯医院，后又改为广济医院（今浙江医科大学附属第二医院），由英人甘尔德主事，每月收治住院病人20名左右，门诊一二百人次。光绪七年（1881）英国圣公会改派梅藤更掌院。在职45年，相继创办了广济产科局、麻风病院、肺痨病院和广济医专学校等，为杭州推广西医技术，培育了第一代西医师。光绪十五年毕业于广济医院的张集成医师，就在上海创设了集成药房，杭州风靡一时的“集成”痱子粉，就出于张集成的首创。

广济医院的创立，开辟了欧美西药传入杭城的先导。当时，该院的治疗用药，均向杭州圣公会提出计划，由香港英国人开设的宝威药厂供应制剂和原料药。品种很少，主要有甘草合剂、硼酸、碘酒、苏打粉、奴佛卡因、硫酸镁、甘油、双氧水、阿托品、吗啡等。随着医疗范围的扩大，用药品种增加，相继自制或配制针用葡萄糖、Ｘ线硫酸钡、百日咳药水等。30年代配有手摇式压片机，自制各种内服、外用、消毒、防腐制剂152种。抗日战争期间，青霉素、链霉素、磺胺类药物开始进入杭州市场。

在广济医院创立的同时，英商屈臣氏药房在杭州开设分号，经售西药和简易器械。在鼓楼一带由广东人先后开设了保太和（1878）、福林（1900）、太和（1912）、老葆合和（1914）等广东药水店，经销冯了性药酒、乌鸡白凤丸、玉树神油、熊胆丸、眼药水等广东成药，民国开始逐步转营西药。

清光绪三十一年（1905），上海华英药房在清河坊开设杭州分店，主要经营哥罗颠、十滴水、碘酒等本牌药品，这是杭州第一家由中国人自己开设的药房。此后，上海在杭分设药房渐增。民国元年（1912）上海中英药房在清河坊开设的分店，因管理困难，重新折股5000元，盘给经理寿鹤卿和谢土元等人，遂为杭州本地人开设的西药房，主营本牌药品、各国进口成药、药用工业原料、医疗器械、奶粉和照相材料等。北伐战争后聘请周师洛药师担任西药配方。周师洛是浙江制药工业的开拓者，他创办的杭州民生制药厂与上海新亚、信谊、海普同称国人创办的中国四大药厂。

1945年8月抗日战争胜利后，杭州西药房增加到60多家，国产新药和本牌药品经营有较快发展。其中股份有限公司的有五洲、同春、华美药房；独资经营的有华德、中一、中法、大来；合伙经营的有集成、大成等药房。1948年8月起，国民政府实行“币制改革”和“限价政策”，造成物价暴涨，西药经营濒于破产。以常用西药价格为例：沪杭两地1949年5月25日与1946年7月6日相比，20万单位青霉素上涨72亿倍，拜耳阿司匹林片10片装每支价上涨553亿倍，信谊消治龙20片装每支价上涨148亿倍，磺胺嘧啶片1000片装每瓶价上涨264亿倍。这个时期西药生意做得最活跃的是同丰西药行，进出频繁，专做批发，重点经销配尼西林（青霉素）、肺特（链霉素）、消治龙片（磺胺类药物）、糖精、鹧鸪菜等品种，与上海长途电话联系一日数次，对沪杭市场信息和药品行情灵通，独占优势。同时，在同业竞争中，有的囤积居奇，有的相互“捉白老虎”，把西药折成黄金、大米，卖空买空，市场更趋混乱。