南朝齐建元中（479—482），相传灵悟大师昙超在玉泉开山筑庵，弘扬禅宗心法。

昙超号称南齐尊者，河北清河县人。他天生道 器，经过修行而成为贯通天人的大师。他一旦禅定，就数日不起，并且常常一个人在深山中独处。说也奇怪，当大师在深山中坐禅，就连凶猛的野兽都乖乖地 不敢侵犯他，好像被他的法术降服了一般。

南朝宋大明年间（457—464），灵悟大师奉皇帝诏，前往辽东宏赞禅道。南齐时他才云游钱塘，并在西湖北面的灵苑山筑庵讲经。灵苑山就在现在的玉泉边上，这里本来默默无闻，但是自从灵悟大师来了之后名声大振，前来聆听大师讲经的人络绎不绝。

有一天，有个老者来到灵苑山昙超大师讲经处，对他说：“我是一条龙，世代居住在富阳鹿山，兄弟五人，一直以来在当地行云布雨，泽被四方百姓。可是去年冬天，有人在我们居住的山上寻找珍贵的古物，到处开凿洞穴，结果破坏了我们兄弟的居室。我的兄弟们一气之下，就数月不雨，田里的庄稼禾苗都快干枯了，老百姓整天在求我们降雨。我是老大，想想因为有人破坏我们的居室，就这样惩罚他们，如果再不下雨，饥荒就要来临，老百姓就要遭殃了，因此 就劝说兄弟们不要再赌气，赶快下雨，无奈小兄弟们任凭我如何劝导，都不服从。听说大师法术无边，所以我到这里来请求您，能不能和我到富阳走一趟，说动我的兄弟们快快下雨。”

大师听了老者的话，就说：“既然你是龙，我这个庵中无水，你能不能造个水源出来？”老者听了，哈哈一笑，说这还不容易。边说边伸出手掌，对着庵前的空地一拍，顷刻间一股清泉喷涌而出，这就是我们今天看到的玉泉，也叫做“抚掌泉”。

昙超大师看到那清澈的泉水，满心欢喜，就跟随 老龙君前往富阳化解龙兄弟们的怒气。大师刚一起身离开灵苑，富春江那边已经乌云滚滚，倾盆大雨滂沱而下。

上面的传说应该是从南齐以来就有了，但是南宋周栋在《开山尊者记》一文中说，昙超的功德自南齐以来淹没无闻，直到后晋年间，玉泉建了净空院才得以彰显。

南宋临安成为行都之后，昙超与发泉龙君的名声大振。嘉泰（1201—1204）初，宋宁宗赐庙额曰“灵泉”，嘉定（1208—1224）初，发泉龙君被宋宁宗封为嘉应公，又改庙额为“仁惠”，嘉熙四年（1240），宋理宗又改封号为“神运”。淳祐八年（1248）朝廷还出资建造昙超大师祠堂和龙王的像殿。淳祐十一年（1251），宋理宗御书“玉泉净空之院”，成为御前雨旸祈祷第一所。玉泉的神话传说通过朝廷的表彰，使它更具神秘色彩，从而成为神灵之泉。

还有一个传说，应该是康熙把玉泉寺赐名为“清涟寺”之后产生的。因为传说的开头，就提到仙姑山北面的清涟寺有个玉泉，这玉泉的水清澈透亮，它是怎么来的呢？

原来早先在钱塘江口有一条深不见底的地沟，叫 做“天开河”。在“天开河”里，住着一条本领非凡的草龙，他能翻江倒海，腾云驾雾，但是他又粗里粗 气而不懂事，整天在江里钻进，海里钻出，和大鱼小虾们嬉戏。

一天，草龙在钱塘江口看到有只官船押送着两只驳船，官船鸣锣开道气派十足，可是驳船上却是一片哭声。草龙很是好奇，一打听才知道人间有个皇帝，派手下的官员抓了一批老百姓到京城给皇帝做苦力，他们被关在这船上，押送到京城。草龙听到驳船传出的一阵阵哭声，就愤怒地用尾巴一甩，掀翻了官船，救出了驳船上的百姓。

草龙想皇帝这么坏，救了几个老百姓是不够的， 一定要把他收拾了，换一个好的皇帝。于是它便驾起乌云直奔京城，霎时间皇宫上方狂风暴雨，只见草龙 气势汹汹地闯进皇宫。皇帝正在宫廷里和大臣妃子饮酒作乐，见了草龙惊吓得手脚发软，皇宫里三千御林军也抱头乱窜。幸好一个胆大的侍卫拉开弹弓，朝草龙打了一个弹丸。这一弹丸正好射中了草龙的右眼，疼得草龙大吼一声，扭过头，“哗啦啦”尾巴扫坍了宫殿的一只角飞走了。

草龙退回钱塘江口的“天开河”里，发誓要报仇雪恨。那时候，清涟寺住着一位医术高明的老和尚。草龙打听到这个会医术的和尚之后，变成一位粗黑结实的大汉，前去求医。老和尚看他面状古怪，心存疑惑，就问它这只眼睛怎么会变成这样，草龙谎说是上山凿石头的时候被碎石头爆的。但老和尚从草龙的眼 中取出弹丸时，就大发脾气地说：“明明是颗弹丸， 为什么说是碎石头，你到底是何人？不讲清楚我不给你医治！”

草龙见状，怕这和尚真的不给自己医治，就把真 情老老实实地说了出来，最后还说：“等我把眼睛医好了，一定还要去报仇。”

老和尚听了大吃一惊，心想他住的寺院是皇帝所赐，他享的是皇帝福，如今有人要去伤害皇帝，这还了得。

老和尚转而想了一个计谋，就假意地笑着对草龙 说：“你要我给你医好眼睛，可要先帮我一个忙。我这寺院里缺水，你先替我钻一个泉眼吧。”

草龙不知是计，满口答应了老和尚的要求。老和尚选了一个地方，草龙一头就钻入泥土中。清泉从洞口汩汩涌上来，草龙越钻越深，泉水也越涌越大，很快汇成了一口大池。这时，老和尚急忙将佛前供奉的玲珑石塔移过来，往泉眼当中一压，草龙就永远地被压在了地下。

草龙上了老和尚的当，被压在地下再也出不来 了。可是草龙钻的泉水像碧玉一样清冽，人们就叫它为“玉泉”。而在玉泉附近还有两个水池，一个叫“珍珠泉”，一个叫“晴空细雨泉”。

这珍珠泉很奇怪，只要人的脚一震动，就冒出一个个小水泡。据说是草龙的头伏在珍珠泉下面，因此地面一震动，草龙就苏醒过来，它在地下舒舒气，水面上就咕噜咕噜地冒出珍珠一样的小水泡。

“晴空细雨泉”则是草龙的尾巴正好盘在下面，龙的尾巴不断地冒气，因此即便在大晴天，上面也雾蒙蒙的。