顺治二年（1645）六月，贝勒勒克德浑、贝勒博洛率兵进占杭州。十月，勒克德浑以平南将军移驻江宁，博洛回京，以济席哈为副都统（满语为梅勒章京），留驻杭州。顺治三年（1646）三月征南大将军、贝勒博洛与图赖再率八旗劲旅抵杭州。顺治四年（1647）正月，清廷派副都统董阿赖率师常驻杭州。

董阿赖由是升任固山额真（汉语为都统），是为杭州驻防的第一任最高长官。顺治五年（1648），固山额真、平南将军金砺继任。此后，驻防杭州的固山额真都加将军衔。顺治十五年（1658），宗室柯魁继任，称昂邦章京（汉语为统领），两年后改称总管。康熙二年（1663），擢升杭州驻防副都统图尔白绅为杭州将军。杭州驻防最高长官自此始称将军，一直到清朝灭亡。将军印信起先为楷书银印一颗，至乾隆十四年（1749）改铸为满文篆书。有清一代267年间，自在杭州设置八旗驻防以后，杭州驻防的最高统帅，包括署任、复任的在内，共历经97任，其中固山额真5任、昂邦章京与总管共1任，将军91任，平均不到三年即换一任。总的来看，雍正以前，驻防最高将领换任不那么频繁，任期相对较长，从雍正朝（1723—1735）开始，最高将领（将军）的任期明显缩短，任命后未赴任旋改任他人、到任仅数月或一年左右的，占了相当大的比例。任调如此频繁，是清廷防范将军坐大的一个有效措施。但也有例 外，杭州将军任期最长的是乾隆朝的萨尔哈岱，他从乾隆八年（1743）从乍浦副都统升任杭州将军，到乾隆二十四年（1759）卒于任，在任时间达16年之久。一般来说，这类任期较长的将军都是皇帝非常信任的人。杭州将军人选，主要由本地或外地驻防、京旗副都统升任，或由其他驻防将军、都统平调，少数由总督、总兵、朝官（如都察院御史、侍郎）等升（调） 任。杭州将军去职不外乎调京、转任、互调、降革、 病休、病故等原因。如道光十八年（1838）六月任命的杭州将军和世泰，任职才9个月，就因在宁夏将军任内 库贮银两亏空被革职充军，并限期赔补亏空。

驻防将军一职，初置时为正一品，乾隆三十三 年（1768）改为从一品。其职责是“镇守险要，绥和军民，均齐政刑，修举武备”。在实际上，将军的职责主要是三项：驻防将军既是军队长官，其天然职责自然是“修举武备”，即训练士兵，镇守地方，以备不时之需。清朝前期，杭州驻防在这方面做得还算不错。将军查木杨深受康熙皇帝信任，任上也不负皇恩，驻防官兵皆善骑射，娴熟满话，皇帝非常满意。康熙三十八年（1699），皇帝南下巡幸，此时查木杨已故，皇帝检阅驻防官兵，不禁怀念起前将军查木杨来，深为失去一员优秀的将军而惋惜不已。此后，皇帝还对江宁、杭州两地驻防作出比较说“浙江之兵颇优，江南（宁）之兵甚劣”。这个评价对杭州将军来说是倍感鼓舞的。乾隆前期杭州将军萨尔哈岱也因“任内操练兵弁尚属可观”而得到皇帝表扬，以至于要把他调任京口将军，前去整顿营伍。乾隆后期杭州将军富椿则不幸成了反面典型。富椿因在吉林将军任上未能将私挖人参的罪犯缉拿归案而被革去奉恩辅国公爵位，改任杭州将军。两年后，乾隆四十四年（1779）十一月，下旨再将富椿革去杭州将军一职。理由是：因过调补杭州后没有感激圣恩，不能加意训练兵丁，对兵丁喝酒、听曲、看戏等等未能严加管教，自己也是自求逸乐，每日听戏，甚至将其经常观看的戏班命之为将军班。如此将军，实在可恶，是可忍，孰不可忍？皇帝下旨不但将富椿所有职衔尽行革去，还搞了个“通报批评”，将这道圣旨“传谕内地 各省将军，以昭炯戒”，可见皇帝是何等之震怒。

驻防将军的另一个职责是“绥和军民”。驻防之初，将军在地方上权势甚大，总督、巡抚即使不听命于他，也得慌他三分，到后来为防止驻防官兵骚扰地方，缓和民族矛盾，清廷规定，驻防将领无权干涉总督、巡抚行使职权。当旗人与民人发生冲突，只能管辖旗人，而将民人交与地方处置。这个任务，每当将军上任前陛辞或皇帝亲临阅兵，皇帝都要谆谆告诫一番。康熙三十三年（1694）五月，杭州将军查木杨向皇帝告辞时，康熙训导他到任后要“训练士卒，辑洽兵民，自巡抚以下、府道以上皆当和睦，若文官与武官彼此协和，则地方实有裨益。至于遇事，当慷慨担当，不可苟且自求幸免，推诿于人”，可谓语重心长。

前面说过，驻防旗营是一个小社会，有那么多官兵、家属、奴仆生活于其中，吃喝拉撒、柴米油盐酱醋茶、生老病死、红白喜事，乃至鸡鸣狗盗等等，关系切身利益，都不是个小事。驻防将军作为一营之首、一家之长，自然要负全责。因之，教养兵丁成为将军们的一个重要任务。起先这个任务还不算繁难，派发好粮饷、维持好内部秩序，解决好与外部的纠纷，就可以了。可是到了后来，随着人口繁衍，物价上涨，驻防旗人生计问题渐行突出，最后成了压在将军身上的一块巨石。解决的办法不外乎添设养育兵、救济抚恤、向朝廷求援、出租土地房屋增加收入等，而如果一旦解决得不好，便会动辄得咎，影响将军自身前程。乾隆五十九年（1794）四月，杭州将军善德就因一项向协领、佐领追补以前被他们截留的赏给嫁娶旗人的银两而被副都统成明、浙江巡抚吉庆举报，乾隆因而下旨斥责善德“沽名固执己见”，并以“年已衰迈，不胜将军之任”为由将其革职赴京受训。 杭州驻防，将星如云，《清史稿》大多有传，个个都有故事。有正面的，有反面的，有风光的，有倒霉的，也有悲惨的。康熙年间的查木扬是比较杰出的一位，他从正蓝旗蒙古护军统领（长史）任上擢升至杭州将军，上任前康熙皇帝就对他寄予厚望。他在任上督促官兵勤练骑射，学习满、汉语言；约束八旗兵丁，巡缉不法；禁止旗营牧马损坏民人庄稼和践踏坟墓；不允许旗兵私放营债盘剥百姓；查禁旗兵操纵地方无良之徒骚扰百姓；与浙江、杭州地方官员保持着良好的关系。总之，诸事办得都很妥当，将杭州旗营整肃管理得颇有生气，后病殁于杭州将军任上。皇帝赐谥“敏恪”，并御制神道碑，赞扬有加。皇帝后来来到杭州，看到经他训练有素的八旗士兵，勾起了对他的深切怀念。后在西湖苏堤跨虹桥侧建有扎（查）敏恪公祠以纪念他。要说杭州将军中结局悲惨或悲壮的，当数雍正早期的年羹尧以及咸丰年间（1851—1861）的瑞昌，一位死于冤案，一个死难于太平军攻城之役，这两位后文将有专述，此处不赘。而要说倒霉的，康熙初年的柯魁可以算一个。他在杭州相当跋扈，曾因圈占民房1452间而遭到朝廷大臣的检举，又曾假借圣旨擅自主张重建旗营城而受地方大员抵制。柯魁是宗室，一般人根本动不了他，但他却因卷入了清初最著名的文字狱之一——庄氏《明史》案而大倒其霉。幸好柯魁是宗室，仅被革职拿问，倒是他的幕僚程维藩成了替罪羊，被砍了头。

顺便说一说清末的杭州将军。常恩是杭州驻防倒数第五任将军，是在光绪二十五年（1899）五月由副都统升任将军的。这个常将军除爱好鸦片、女色外，非常喜欢斗蟋蟀。凡听得有善斗的蟋蟀，不惜重金购买，以至于每天都有很多人到将军署兜售蟋蟀。常恩所养蟋蟀，有专人看护；养蟋蟀的盆子都很讲究，有三四斤重，用紫砂烧成，青灰色，作腰鼓形，盆里用朱砂拌细沙垫底，盆盖上有精细的雕刻。他的二儿子对之也非常喜好，他在常恩调离后离开杭州时， 送给人家的蟋蟀盆子竟有500多只。继常恩任将军的 是瑞兴，人称瑞公爷。按惯例，将军起床、进餐、就寝都有定时，但这位将军爷的起居完全不按定制，早晨升旗奏乐起床，他可能刚刚上床入睡；中午奏乐进餐时，他还大梦未醒。瑞兴鸦片瘾极大，白天黑夜不分，每天都要睡到下午一两点钟才起床。他吸的烟膏是用人参熬的，烟枪有用翡翠制成的，他喜欢用京剧名角的名字来命名烟枪，最心爱的一支名叫“谭鑫培”。吃蝎子是满人的特殊嗜好，瑞兴也是如此，他在春夏喜吃哈士蟆，天气凉时吃自己繁殖的洋虱（像地鳖虫一类的东西），严寒时就吃活蝎子，每天吃一两只。这位爷还爱猫爱狗成癖。将军署内，只见猫狗成群，厅堂室内地上、桌椅上、床单上都是梅花脚印。他的狗非肉不饱，猫非鱼不餐，鱼要去鳞去肠， 还要煮熟了吃。将军爷用膳时，与猫狗同食，饭后，喜欢让猫给他舔胡须。夜里吸烟，白天睡觉，与猫狗同眠。他的小妾们也习惯了，也是抱狗而眠，拥猫而睡。将军出门，在乘坐的八抬大轿里总有两只狗。狗常把头伸出轿外，人们看到将军的大轿里好像只是抬着狗。据说当时的《申报》曾有一幅漫画，画的是将军的八抬大轿前呼后拥，招摇过市，轿帘两边伸出两只狗头。将军见了漫画，既没有不高兴，也不以为耻，反而大加赞赏。杭州驻防最后一任署理将军德济更是不像样，当辛亥义军攻打巡抚衙门时，他正在拱宸桥日租界的妓院里拥妓找乐呢。大清王朝出了这样一批活宝将军，不灭亡才怪呢。