明洪武八年(1375)，商辂的父亲商瑭(字仲瑄)选补严州府学庠生，这年他十三岁。洪武十二年(1379)，因父(名尚)病终回归芝山丧葬，学业中止。服满后，仲瑄回严州府就读。洪武二十三年(1390)，仲瑄娶解氏为妻，后生有五子：曰洪、彬、敏、浩、辂。永乐年间，仲瑄公为严州府吏典史，执掌文书公事，商辂就出生在父亲为官之地—建德梅城。
《商文毅公年谱》上说解氏在分娩商辂前一夕，严州知府李兴忽梦天上热闹非常，彩旗鼓乐迎一巨星送至廨舍内。及次日薄暮，天色已晚，李兴退息府衙中，又忽见衙外火光冲天，出衙视之，并非失火。忙问佥事员是怎么回事，回答说有商仲瑄家刚生了一子，别无他事。李公大奇，翌日天亮后就叫人把小儿抱来观看。当时正值旭日东升，就命用华盖遮着看，一见即知并非凡人，嘱曰：“此儿他日必有好处，可要用心抚育。”于是赐予小商辂火肘、鸡蛋、白金等物。所以至今传说，商辂公出世便张华盖、食俸粮。
商辂自幼聪颖，六岁时母解氏授以《孝经》《论语》，十三岁便能作文成理，而且能将四书熟诵无误，并能通晓其义。十六岁补淳安县邑庠生，后从掌教王端游学，受书经，昼夜以读。自此后贯通经史，下笔千言，每次考试都得第一。
商辂十九岁，第一次往省城杭州参加乡试，没有录取，所以重入淳安邑读书作文，二十一岁时，商辂赴杭州入府学，习科举业，并娶卢氏为妻。辂娶卢氏后，仍肄业邑庠，一到晚上就回卢家住。岳母何孺人就买了一头驴给他骑，以减轻往返之劳累。道旁有一个姓吴的老相识，看到他来，就叫他“骑驴秀才”。
正月，九岁的皇太子朱祁镇即位，即明英宗。八月，商辂再次参加浙江乡试，中第一，获解元。第二年参加春官会试，春闱不第。
商辂在京再次参加会试，仍然春闱不第。但他的好友也是严州老乡桐庐人姚夔却中得会试第一，获会元。这给商辂的勉励很大，于是就入国子监太学就读。在国子监的两年，商辂不出监门，专心学习四书、经史、科举业。在祭酒李时勉的特殊关照教导下，商辂学业大进。后为省视年逾七旬的老母，即回淳安芝山。
重阳节，商辂又整装赴京，准备参加第二年春天的会试。临行之前，商辂听说县西的贺神庙的贺公菩萨极有灵应，就先沐浴斋戒，到庙里求了一签，签上的律诗云：“冯王以老续功名，二帝当阳第一人。黃阁尊崇遭石阱，绿堂闲散谒金门。温公再起调鼎鼐，范相重来秉管衡。抗论刑臣鞭血地，浩然归去青松迎。”商辂看后，并不大解得其中真意，便随手将签诗放入箱箧中，也不去在意(事见《清溪野史》)。第二年春天的会试中，商辂不负众望，中会试第一，获会元。紧接着，三月十三日参加殿试。商辂策对长达两千五百余言，义正词明，条理清晰，援古论今，切中时政，受到英宗的赞赏，亲擢第一甲第一名，荣获乙丑科状元。授翰林院修撰，阶承务郎。正统十二年(1447)，商辂奉英宗命，进东阁，与陈文充任经筵侍讲。
“土木堡之役”败绩，英宗被俘，瓦剌也先率部大举入侵，直逼京师。商辂与兵部尚书于谦力排众议，反对南迁。后皇太后允群臣疏请，立郕王朱祁钰为皇帝，是为代宗，并遥奉英宗为太上皇。景泰元年(1450)八月，商辂往居庸关迎太上皇英宗驾归。九月，商辂由翰林院侍读升为学士；三年为兵部左侍郎兼左春坊大学士；四年阶升嘉议大夫；七年兼太常寺卿。
正月，被软禁在南宫的英宗，在一些旧臣的拥戴下，趁代宗病重，发动“夺门之变”，一举复辟。英宗重新执政后，第一个召见商辂，同他商议国家大计。在用人问题上，英宗曾对商辂说：像陈循这样的人，不能用呵。商辂却向皇帝进言：陈循历事累朝，老成练达，何况陛下初复大位，不应该有这种念头呵。英宗听取商辂的意见，任用陈循如故。当时，有权臣石亨、张軏、张輗、杨善、徐有贞，窃弄权术，气焰十分嚣张，但商辂面对他们却从容不迫，与他们辩论不已。因此，石亨辈忌恨商辂，屡加弹劾，大肆诬陷。后因商辂上疏英宗，为已下狱的于谦说了几句话，被削职还家。这年他四十四岁。
商辂的这次去国还家，一待就是十年。而他此前在朝中为官的十年，一心为国，鞠躬尽瘁；此次回乡，真使他的身心得到完全的释然。在家乡的这些年，他不断为文作诗，也为家乡做了不少好事。早在商辂二十岁的时候，有一次从芝山到邑庠读书，因为一路上水急山峻，不只是崎岖难行，而且时常汹涌，跋涉艰险。在途中他发誓：他年有机会能辟整这条山岭道路，也不负平生的一大志向。此次回乡后，商辂带头捐献赀粮，命僧人净圆招募民工，对芝山往淳安县城百里的文源山路进行鼎新修砌。经过三个寒暑，整饬桥梁二十渡，开辟文源道路一百里，便利了往县城的行旅人们经文源岭山路的通行，也完成了自己早年的一大心愿。
商辂回到家乡后，松江府华亭县王烈步行数百里自华亭经杭州，溯浙江而上，过严州来到淳安芝山村拜谒商辂，请求为其父作《墓志铭》。王烈的父亲就是王端，是商辂早年在淳安邑庠读书的老师、淳安县教谕，商辂自然受请，作《遁庵先生墓志铭》。
十一月，母太夫人解氏卒，享年八十有五。在商辂侍奉解太夫人、何孺人与卢夫人等家小抵家芝山时，解太夫人曾怡然地说：“先前的做官，现在的回家，都是皇上的恩赐，我儿不知拿什么来报答皇上。”言语中不难看出叶落归根的欣然，故一抵家乡不久，也就安然而去，了却身归故土的心愿。
四月，商辂捐资雇请木工石匠于距芝山村二十余里的文源深洞岭中，构筑瓦屋数楹，匾之曰“仙居书屋”，以之作为行人往来休憩的场所。后有儒生三四人在此读书修身。
六月，严州六县水灾为患，淹没良田屋舍无数。商辂时在病中，命次子商良臣拿出自己的俸赀赈济饥民，又把粮食与器具分给宗族以及特别贫困的邻里。所以，在这次水灾中，许多贫困者因为商辂的救济而活了下来。
大学士李贤病重，宪宗朱见深遣中宫问他：“谁可以替代你呀?”李贤说：“只有商辂是最合适的了。”十二月，朝廷下诏召商辂回京。三年二月，商辂偕夫人、子女至京，三月三日，恢复商辂兵部左侍郎兼翰林学士，召直内阁，参预机务。六月，商辂上《政务疏》，提出勤圣政、纳谏言、储将材、饬边备、汏冗滥、广蓄积、祟圣道、谨士习等八项建议，皆切中时弊，皇上嘉之。不久，给事中董旻、御史胡深、林诚等诋毁商辂，宪宗不听谗言，并要加罪董旻、胡深等人。商辂说：“臣尝请优容言者，今论臣反责之，如公论何？”(《明史》本传)表现了他宽广的胸怀和气度。宪宗听后大喜，升商辂兵部尚书，兼职如故。成化九年(1473)，改户部尚书，兼职如故。这一年，有两个人的过世使他悲痛万分，一个是夫人卢氏，一个是挚友太子少保吏部尚书姚夔。卢夫人灵柩归葬于淳安县港口镇对河大凤凰山麓。成化十一年(1475)四月，商辂兼任文渊阁大学士，十一月奉旨立皇太子祐樘制革御策。成化十二年(1476)二月，敕进户部尚书兼文渊阁大学士商辂太子少保改吏部尚书，兼职如故，复赐冠带，金织麒麟一品服。
正月，宪宗帝为了加强特务统治监视官员，相承于成祖于永乐十八年(1420)建立的东厂，又新设置了西厂，任命太监汪直为提督，其权力超过东厂，一时恣横狂妄，权倾朝野。五月，商辂上《修政弭灾疏》：“……今太监汪直年幼，未谙世事，止凭韦瑛等主使。呈报中间，固有一二，似为禁革奸弊，奈非祖宗旧制、所革未多，其失人心，则已甚矣。中外骚然，安能保其无意外不测之变。若不早为除革，一旦祸兴，卒难消弭。”检举太监汪直自提西厂以来犯下的滔天罪行，要求革去西厂，罢黜汪直，捉拿爪牙韦瑛、王英，治以刑罚。开始宪宗览后心中有些不快，认为自己只是用了一个内臣，怎么就涉及了国家安危了呢？未免太危言耸听。于是传旨严厉诘责。商辂也不畏惧，正色说：“朝臣无大小，有罪皆请旨逮问，直擅抄没三品以上京官。大同、宣府，边城要害，守备俄顷不可缺，直一日械数人。南京，祖宗根本地，留守大臣，直擅收捕。诸近侍在帝左右，直辄易置。直不去，天下安得无危?”(《明史》本传)宪宗于是下令革去西厂，汪直心腹韦瑛等也被定为“诬缉妖言”之罪斩于市，人心大快。但只过了一个多月，宪宗帝就复设西厂，仍由汪直提督厂事。商辂为国事忧愤不已，一时病倒，于是上《乞恩休致疏》，乞请退休。宪宗应允，并升少保。七月初一，翰林院馆阁僚屡次第赋诗道别，所有人都歆羡商辂的名声政绩，非常人所及。第二天，商辂入朝陛辞后，公侯伯卿等所有在廷文武百官于都门外，祖饯商辂公，一时车马塞衢，行人莫能过。
商辂此后居家十年，于成化二十二年(1486)卒，享年七十三。讣闻至京，宪宗对此说了这么些话：“朕素知商辂为人，忠义可嘉。朕特为些个小事乃闲了他十年，好官，相应思典悉与勿吝。”赠太傅，谥文毅。著有《商文毅公文集》《商文毅公疏稿》《蔗山笔尘》以及所纂《宋元通鉴纲目》等书。
因为商辂的丰功伟绩，宪宗下旨在商辂家乡所在地严州府城建立“三元”石牌坊，以之旌表。因商辂功名烜赫，在浙江建有三处“三元坊”，一处即在严州府治梅城，人们叫“落元里”，也就是如今梅城水门路附近叫“梨园”的地方。一处在杭州，即商辂参加乡试时居住过的凌椒巷巷口，后将巷子改称三元坊巷。还有一处在商辂故乡淳安县，牌名“三元宰相”。其实，在省外，尚有两处三元坊：一处是在北京，为成化十四年(1478)建；一处是在江苏武进，也是旌表商辂的。至于武进“三元坊”的建造缘由，仅基于传闻，不可足信。
商辂公不仅在有明一代，甚至在整个中国古代史上，都是声名远播、政绩卓著，被史家和百姓赞誉有加的一代名臣，也被誉为范仲淹式的人物。在严州历史上，不管是外籍的范仲淹，还是本籍的商辂公，他们都以自己的高风亮节为严州人民树起了两面大旗，让千百代严州人崇敬和效法，这是严州人民的幸运和福分。成化二年(1466)八月，当时还因削籍在家的商辂，前往建德上马目源何村虎头山为二世祖商瑷公扫墓，顺道游览严子陵钓台时，写过一首诗：
拂袖长歌入富春，
沧江深处独垂纶。
短蓑不换轩裳贵，
千载高风有几人。
在商辂眼里，子陵之风是令他钦佩的，但那是在商辂身无半职的情况下对自己的一种解嘲，一个人的高风亮节，不会因为“短蓑”和“轩裳”的不同而改变。事实也是如此，当孝宗皇帝重新召用他之后，他的一身正气并未改变，而是在更为险恶的环境中作出更为令人扼腕的决断。严子陵的高风亮节，在商辂公身上，我们看到的是另一种诠释。
