我5岁（实际不足4岁）那年的春天，有一天，我的父亲在内客堂中间摆了一张四方桌子，靠外一边缚上一幅红呢桌帷，桌子上摆了一副香炉烛台，为着给我“破蒙”，要摆孔夫子。给我破蒙的老师是头年（前清光绪十四年）浙江乡试第一名举人，俗叫解元的山阴王会澧先生，这就可以晓得父亲对我的期望了。
1899年，马叙伦入杭州养正书塾，“星期作文，一连考上了七次第一”。然而数学和英文却不佳。喜爱文史的他对历史教员陈介石（黻宸），因此而崇拜得五体投地。
养正书塾后来改名为杭州府中学堂，就是今天的杭州高级中学。马叙伦在养正书塾的同学有汤尔和、杜士珍等，后来，马、汤、杜又与求是书院（今浙江大学前身）的蒋尊簋、蒋百里、史久光、李斐然、周承菼、许寿裳、钱家治相交莫逆。
马叙伦离开养正书塾后，就以教学和撰文为生。1903年，马在上海与黄节、邓实、刘师培等组织“国学保存会”，他们刊行《国粹学报》，以“辨别种族，发扬民意”为宗旨。马的《古文疑义举例札迻》等文章即发表于斯。
1909年冬，马叙伦加入了由柳亚子、陈去病发起组织的，以文学鼓吹民族革命的“南社”。以后，他随汤尔和游日，在日本东京，由章太炎介绍，加入反清革命团体中国同盟会。迨杭州光复，又任浙江都督府秘书、印铸局长。
民国成立以后，马叙伦曾五任北京大学教授：
马叙伦的学历大致相当于今天的高中肄业，但国立北京大学的历任校长却五度聘请他为教授，这说明两点：一是马叙伦确有真才实学；二是北大聘人的标准是不拘一格，虽有招聘条件，但特殊者常可破格。
马叙伦在北大教授的是老庄哲学，曹聚仁说马氏在北大有“马天下”之称，缘其在北大教授先秦哲学，以先秦诸子百家之总结论《庄子·天下篇》为讲义，加以笺注和引申，一年就讲此一篇。后来，他的研究心得，成《庄子札记》14卷、《庄子义证》5卷、《老子覈诂》4卷、《老子校诂》、《庄子天下篇述义》等，并刊布于世。
“达者兼济天下，穷者独善其身”，乃儒学之经典名句，教学之外，马叙伦也从政。民国年间（含北京政府和国民政府），马叙伦先后任过以教育主管为主的下列官职：
马叙伦属于国民党内的元老，孙中山逝世以后，一些元老邹鲁、林森、谢持、石青阳、覃振、叶楚伧、茅祖权、沈定一、傅汝霖等因对广州国民党中央的“容共”政策和国民政府主席汪精卫不满，于1925年11月在北京西山举行“中国国民党一届四中全会”，结成国民党内“西山会议派”。
时任国民党北京特别党部宣传部部长的马叙伦是倾向该派的。为此，他在上述“西山会议派”于1926年3月在上海召开的国民党“二大”上被选为中央监察委员（共7人，依次为李敬斋、石青阳、马叙伦、陈去病、于洪起、谢英伯、樊钟秀）。
抗战胜利后，马叙伦的政治思想有了根本的转变。1945年12月30日，他在上海与一些文教界和工商界人士组织中国民主促进会，“以发扬民主精神推进中国民主政治之实践为宗旨”，并被民进推为3人的常务理事之一（另两人为陈已生、王绍鏊）。
中国民主促进会后来成了1949年参加新政协会议的11个党派之一，这11个党派是：
中国国民党革命委员会、中国民主同盟、中国民主促进会、中国致公党、中国农工民主党、中国人民救国会、中国国民党民主促进会、三民主义同志联合会、民主建国会、九三学社、台湾民主自治同盟。
后来，国民党民主促进会、三民主义同志联合会并入国民党革命委员会，中国人民救国会宣布解散，余下的8个党派迄今仍存。
1946年6月23日，马叙伦、阎宝航、雷洁琼等10余人作为上海市“民众代表”，赴南京请愿，在南京下关车站与所谓“苏北难民”发生冲突，马伤及头部，是为“下关血案”。对此，马叙伦说：
我不晓得，如果真正是苏北难民，为什么会把上海人民呼吁和平的代表，做他们殴打的对象，尤其是好像我是他们唯一的目标？这可以说是绝对不能理解的。……
真正有钱的怎样会在胜利后反来做难民？自然有人说，这是共产党的缘故，我们在这种内战里没有机会去苏北亲历下，不能做一个肯定的批判，我们也不能否认在共产党统治底下，地主和资本家不能不受到影响而有逃亡的可能。但是就土地改革一项来说，国民党如果实行平均地权政策，地主也要受到打击的，这种是政治问题。如果内战停止，走上民主政治的大路，人民需要怎样的政治，行怎样的政策，人民有力量有权利来主张的，那么真正是苏北有钱的难民，也不会得来反对我们呼吁和平的代表，何况竟以打做他们的目的？
马叙伦一生，有两次受伤的经历，一次是1921年6月3日，北京国立八校教员因欠薪事，随北京政府教育部次长马翼邻赴总统府向总统徐世昌请愿，与守卫发生冲突受伤，是为“六三事变”。这是为了经济原因，而“下关事件”，则是属于政治原因了。
中华人民共和国成立后，马叙伦作为民主党派代表人士，被任命为中央人民政府委员，政务院政务委员，政务院文化教育事务委员会副主任兼教育部部长（1952年11月，教育部分出专管高校工作的高等教育部，他又任高教部部长），是时，民主党派在新政权中，是联合政府成员。所以，非中共人士约占中央人民政府委员中的半数，3人出任中央人民政府副主席，一人出任最高人民法院院长，两人出任政务院副总理，20人出任政务委员和部长职务。
在高教部部长任内，教育部门开展了全国高等学校的院系调整。这次调整按照苏联的模式改造旧有的高等教育，构造了建国之后高等教育的模式。
今天，站在历史的高度来看这场高校院系调整，它的负面作用是明显的。杨东平在《中国高等教育的苏联模式——关于1952年的院系调整》一文中认为：严重削弱文科和综合性大学，人才培养过于专门狭窄，效益低下是上述高校调整的主要弊端。
作为杭州人，马叙伦有着很深的家乡情结，他在《石屋余沈》、《石屋续沈》曾提及烟霞洞罗汉、林迪臣先生兴学、杭州闺秀诗、钱江风月、云林寺僧、天竺寺僧、东岳庙、钱塘汪氏等掌故，颇具史料价值。更在诗作之中表达了自己的故乡之情，兹录3首：
半夜客中张大眼，上心便是故园情。
钱塘江上大鱼斗，白马神驰潮怒生。
大劫沧桑小劫灰，我于余事不头回。
江边岭下无消息，新种梅花莫已开？
心到西湖十里堤，绿杨当与绿波齐。
致声红紫须迟放，莫与胡儿衬马蹄。
马氏墓地葬有马叙伦的迁杭始祖马应凤及以下的马氏亲人，包括马叙伦的母亲邹赘梅，两任妻子王瑛、潘媞等。
1951年夏，马氏墓地因修筑徐湖公路，纳入计划路线范围。杭州市档案馆今藏有马叙伦得知此事后致杭州市人民政府江华市长函一通：
江市长：
接我家坟亲来信，谓杭州市郊鸡笼山一带至九溪十八涧要造公路，我家有两座坟适在鸡笼山前街路北要拆让之地区。我现在因为工作关系，不能回乡，杭州又无亲友可托，也不想再造坟墓，所以决定将这两块坟地献给政府，一切请你府处理。
坟两座位置在西湖外鸡笼山八号王顺龙房后街北，墓碑有“中华民国十年从父季英先生之墓，从子马叙伦（篆文）”和“亡长男龙骧，女多儿藏骸，父马叙伦泣识”字样。
此致
敬礼
马叙伦
1951年7月22
1951年，西湖区修筑公路和有关单位修筑疗养院等场所，涉及不少旧坟，除马氏坟地外，附近的陈三立、陈衡恪父子墓等均涉其中。
如何处理这些文化名人的坟茔，对新政权而言，是一个考验。最终，马氏墓地和陈氏墓地均得到保留。
20世纪90年代，马叙伦的部分遗物迁至杭州马氏墓地，并立“钟灵毓秀，风范长存”纪念碑。
