六部桥始建于南宋，位于御街的东侧，隔御街与当时中央集团六部（吏、户、礼、兵、刑、工）办公的衙署相对，于是便有了“六部桥”这个俗称。六部桥在南宋时正式的名字叫都亭驿桥（淳祐《临安志》记载：六部桥旧称都亭驿桥 ）。都亭驿是南宋朝廷接待北方诸国来使的驿馆。当时驿馆就在桥东，故称之为都亭驿桥。

历朝历代都免不了权利的斗争，唐朝历史上因争夺皇位而引发的“玄武门之变”早已家喻户晓，相传在南宋开禧三年（1207）在此桥旁也发生过兵变，被称为“六部桥兵变”。六部桥位置很特别，是六部官员去六部衙门或进宫上朝的必经之路（官员上朝皆从和宁门入宫）。因此被南宋主和派史弥远选做暗袭韩侂胄（tuō zhòu）的地点。

韩侂胄是南宋的主战派，南宋光宗晚年，趁着光宗病重时，韩侂胄策划了禅位光宗次子赵扩为宁宗的事件，并请宪圣吴太后垂帘。太后封韩侂胄为平原郡王，在左右丞相之上，总领三省大权。权力过大招致了主和派宰执史弥远的嫉恨，吴太后病逝后，宫中杨后当权。韩曾反对立杨为后，于是杨后怀恨在心。史弥远在杨后的支持下乘机发动政变。他们秘密派遣心腹伏兵于六部桥两侧，乘韩侂胄上朝路过六部桥时发动突然袭击，并将其拥往玉津园杀害。当时南宋在与金军的作战中节节败退，于是便将韩侂胄首级送往金营乞和，把战争的责任全部推诿给韩侂胄。此后，史弥远又拥立理宗皇帝，滥用权力，加速了南宋的灭亡。六部桥兵变对南宋政治局势产生了深远的影响。
南宋灭亡后，六部桥不见了往日熙熙攘攘的景象。据（民国）《杭州府志》记载：六部桥明代称为锦云桥，元代称为通惠桥，清代复称六部桥至今。现存的六部桥为清代重建。1986年，中东河综合治理指挥部按原桥样对六部桥进行了整修。整修后的六部桥东西走向横跨中河，为单孔石拱桥。拱圈采用分节并列砌筑法。

金刚墙由条石错缝叠砌而成，施两根长系石，下设明柱。桥体南北两侧中栏板与拱圈之间的青条石上刻有“六部桥”桥名。

桥顶部由多块青石板铺就，中间为素面的顶盘石。桥面东、西两坡为人行台阶，两边设有素面栏板及抱鼓石。今日的六部桥掩映在绿树茂草下，显得格外幽静。

2000年，六部桥作为“中河南段古桥及古泉”的组成部分，被列为杭州市第三批市级文保单位。

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