1926年秋至1937年“芦沟桥事变”前，陈寅恪在清华留美预备学校国学研究院和清华大学中文、历史两系任教，生活安定，学术精进，传薪有成，这是他一生中最快慰的时期。  抗战中，陈寅恪辗转西南，受颠沛流离之苦而著述不辍。抗战胜利后，陈寅恪回北平清华大学任教。殊不料“北归一梦原知短，如此匆匆更可悲”。1948年12月15日他携家带口飞离北平，到上海乘船至广州，从此开始了他人生最后二十年的岭南生活。

在时局的大变革中，陈寅恪为什么选择古为瘴疠之地的岭南作为余生的安身之所，学界莫衷一是。但有一点可以肯定，在生命的最后一段岁月里，陈寅恪虽身居岭南，心底里却时时视自己为过客。“先生过岭诗为历”，从他晚年的诗作中可以分明地感受到他的那种乡愁般的心绪。他曾这样问自己：“无端来做岭南人”，“余生流转终何止”？春天将尽，他感叹：“岭表流民头满雪，可怜无地送残春”；端午节到，他又自吟：“几回客里逢兹日，何处寰中似故乡？”在酷热的天气里他又向故友倾诉：“一瞬百年强半过，不知何处觅家乡？”那么，陈寅恪晚年屡屡梦回的故乡又在何处呢？

陈寅恪祖籍修宁（今江西修水），生于长沙，少时曾随父母在南昌、庐山、南京、上海等地居住。但对流寓于岭南的晚年陈寅恪来说，他很乐意视杭州为故乡。有诗为证：

惊心节物到端阳，作客犹嗟滞五羊。

艾诩人形终傀儡，槐酣蚁梦更荒唐。

南游已记玄蛇岁，北味浑忘白虎汤。

粤湿燕寒俱所畏，钱塘真合是吾乡。

诗中说，他是因为畏惧北京的严寒和广东的湿热，才认杭州作故乡。但这只是浅显之义。对于在诗作中擅用古典和今典的陈寅恪来说，他钟爱杭州绝不仅仅是由于气候之故，而是别有一番深意。

陈寅恪虽非杭州人氏，在杭州也只有短暂的居住经历，但他的家族却与杭州有着诸多因缘。杭州曾是他的祖父陈宝箴短暂的为官之所，而举荐他祖父的大学士王文韶正是杭州人。这是远因。而近因则是，杭州是他的父母、长兄坟茔所在。1925年，学成归国、已受清华学校国学研究院导师之聘的陈寅恪向学校请假一年，陪父亲散原先生养病于西湖净慈寺等处，并于10月安葬其母和长兄在杭州牌坊山之原。1948年其父灵柩在暂厝北平11年之后亦归葬杭州。因此，杭州成了陈寅恪魂牵梦萦的所在。这在他的诗中多有表露。1949年4月诗云：

岭海移家春欲暮，清明上冢梦初回。

1951年9月听说杭州当局有迁墓之说，陈寅恪深为不安，抒之于诗：

葱翠川原四望宽，年年遥祭想荒寒。

空闻白墓浇常湿，岂意青山葬未安。

1966年清明陈寅恪又赋诗一绝：

史书既欲尽烧灰，何用今朝上冢哉。

南国高楼魂已断，西陵东渡梦几回。（钱塘江边古有西陵渡）

在岭南大学的同仁中有一位朱师辙（字少滨）教授，系清季小学名家朱骏声之孙，家学渊深，陈寅恪引以为同道。这位朱先生在1951年退休时，前往杭州定居。这又使陈寅恪对杭州多了一份牵挂。朱少滨的离去，陈寅恪以诗《送朱少滨教授退休卜居杭州》相送。其二为：

无改乡音望若仙，镜湖乞得比前贤。

他年上冢之江畔，更和新诗结后缘。

而此后陈寅恪的上冢之行终未实现，与杭州朱少滨之间的诗词唱和却屡有新篇。从1951年至1961年，陈寅恪赠和朱少滨的诗作竟有11首之多。在诗中，陈寅恪既表达了对朱少滨和杭州风物的挂念，又隐隐流露出对归隐的向往。1953年《寄朱少滨杭州》云：

买山巢许兴如何，湖水湖风岁月过。

同年《寄朱少滨》云：

闻道东华旧史官，寻春湖上惜春残。

暗香一树能偕隐，古柏三株共耐寒。（指西湖三老）

老境萧闲殊无味，多生忧患总无端。

兴亡满眼人间世，也并江潮等量观。

同年《次前韵再赠少滨》云：

镜里西湖装百态，梦中东海事千端。

1958年春《遥祝少滨先生八十生日即次自述诗原韵》云：

杂花生树语莺儿，三月江南正此时。

访古偶过苏小小，和词还涉李师师。

护摩北斗非无相，名胜西湖总有诗。

闻说称觞初八十，更欣吾道未陵夷。

1961年《寄怀杭州朱少滨》云：

东坡聊可充中隐，吏部终难信大颠。

南海西湖同一笑，鸟鸣花放自年年。

陈寅恪在老年衰病的境遇中，以十一年的时间和精力，燃脂瞑写，以他最为擅长的“诗史互证”法撰就了两部考证性的学术专著——《论再生缘》和《柳如是别传》，他因此自嘲“著书唯剩颂红妆”。且不说陈寅恪从中古史研究向明清之际“红妆”研究转变的深刻背景，单说他又因对“红妆”之一杭州才女陈端生及其弹词《再生缘》的探究而与他所钟情的杭州结下了一个新的因缘。1954年，陈寅恪在与朱少滨的唱和之作中，述说了这种因缘：

艳魄诗魂若可招，曲江波接浙江潮。

玉环已远端生近，瞑写南词破寂寥。

陈寅恪在《论再生缘》前言中说：“衰年病目，废书不观，唯听读小说消日，偶至再生缘一书，深有感于其作者之身世，遂稍稍考证其本末，草成此文。”但在文末，陈寅恪引十六年前的诗作《蒙自南湖作》：

景物居然似旧京，荷花海子忆升平。

桥头鬓影还明灭，楼外笙歌杂醉酲。

南渡自应思往事，北归端恐待来生。

黄河难塞黄金尽，日暮人间几万程。

“北归端恐待来生”句中竟隐含有“端生”之名，陈寅恪不免想到，“岂是蚤为今日谶”，难道十六年前写的这句诗即已隐隐地预示着今日要与清乾隆时钱塘才女陈端生相遇！对于陈端生的遭遇，陈寅恪投之以“理解的同情”。在《论再生缘》的最后，陈寅恪“感赋二律”，其一为：

地变天荒总未知，独听凤纸写相思。

高楼秋夜灯前泪，异代春闺梦里词。

绝世才华偏命薄，戍边离恨更归迟。

文章我自甘沦落，不觅封侯但觅诗。

在抗战时期的艰苦环境中，陈寅恪的双眼失去了视力；1962年右腿骨跌折，终未能复原。盲目膑足的陈寅恪，以其在学术界无人可及的声望及其对“独立之精神、自由之思想”的坚守，在1966年6月6日开始的广州的文化大革命中，自然难以幸免。在经受了三年多的精神和肉体的双重折磨之后，一代国学大师陈寅恪终于1969年10月7日被迫害致死。陈寅恪享年八十，不可谓短寿，但他的身世之奇、之惨，不禁令人唏嘘。他在生前，备受艰难困苦，以致于有“天其废我是耶非”的慨叹。他的身后，亦是“岂意青山葬未安”。陈寅恪与杭州还有未了之缘。

陈寅恪在弥留之际，是否有遗言归葬杭州，不得而知；但如果真能如此，他一定是非常乐意的。上个世纪80年代，陈寅恪的女儿希望将父母骨灰归葬位于杭州九溪的祖坟之旁，但是祖坟已被茶丛包围，无地可葬。为此，他的后人曾多次上书省政府，未果。陈寅恪最终被安葬于江西庐山植物园。庐山是陈寅恪祖父的埋骨之所，庐山植物园亦系他的侄子所创建，陈寅恪被安葬于此，自然不能谓之为非地，只是，人文蕴藉的杭州湖山从此与一位不世出的、中国“最有希望的读书种子”、真正的国学大师失之交臂了。