《四库全书》自全部入藏文澜阁并对外开放，到阁圮书散，大致只经历了60多年时间。文澜阁为何会倾圮而书散？且听本文分解。

我们姑定乾隆六十年（1795）为文澜阁《四库全书》全部入贮并对外开放的年份，至咸丰十一年（1861）文澜阁倾圮书散，其间只经历了嘉庆、道光、咸丰三朝，短短的六十余年，文澜阁库书即遭厄运。

“江南三阁”中的镇江文宗阁、扬州文汇阁的库书，命运比文澜阁《四库全书》还要惨。咸丰三年（1853）太平军攻入镇江、扬州，两阁及书尽毁于兵火，同治四年（1865）著名学者莫友芝奉曾国藩之命曾实地调查两阁及《四库全书》情况，五月有上曾国藩书（原件存南京图书馆），莫友芝称：

奉钧委探访镇江、扬州两阁四库书，即留两郡间二十许日，悉心谘问，并谓阁书向由两淮盐运使经管，每阁岁派绅士十许人，司其曝检借收。咸丰二三年间，毛贼且至扬州，绅士曾呈请运使刘良驹筹费，移书避深山中，坚不肯应。比贼火及阁，尚扃钥完固，竟不能夺出一册。镇江阁在金山。僧闻贼将至，亟督僧众移运佛藏避之五峰下院，而典守书阁者扬州绅士，僧不得与闻，故亦听付贼炬，惟有浩叹。

这就是镇江、扬州两阁及库书被毁的经过。莫友芝在信中还谈到，他在泰州还遇到府学训导金长福，据金言，扬州库书虽与阁俱焚，而借阅未归者与“拾诸煨烬者，尚不无百一之存”，由此他推论镇江库书亦可能有同样情况，拟“俟秋间更历诸郡，仔细搜访一番，随处掇拾，不限多少，仍交运使恭弆，以待将来补缮”，但其后未闻有发现扬州、镇江库书的报道，“补缮”亦仅是一种愿望。两阁的库书是彻底地毁灭了，人间已失此瑰宝。毁于兵火实藏书之一厄也。

文澜阁《四库全书》几遭扬州、镇江二阁库书同样的命运，但由于浙江有识之士自清代至民国间犹如接力棒式的护藏与补抄，终使文澜阁重建，库书得以复全，这可以说是中国藏书史上的奇迹。

咸丰十年（1860）及十一年（1861）太平军曾两次攻入杭州，杭州文物古迹遭毁损甚多。十年二月，太平军为解天京之围攻杭州。十九日攻打武林、钱塘、涌金、清波诸门，扎营万松岭，又于南屏、凤凰诸山垒营。并在清波门外西竺庵一带挖地道埋炸药炸城，又在馒头山万松岭一带用棺柩叠垒，复取净慈寺罗汉佛像环垒执旗以为疑兵，于高处下瞰城中，发炮攻击。

二月二十七日太平军攻入杭州城。驻杭六天后于三月初三日见清兵江南大营抽调约五分之二兵力、一万五千余人急赴杭州，达到“围魏救赵”之目的，遂主动撤兵。此次太平军攻入杭州，上城死难百姓甚众，南山一带文物古迹毁损较重。

十一年（1861）九月中旬太平军因天京岌岌可危，再次由江西入浙，欲解天京之围。九月入新城（今富阳新登镇）、临安，转战临安、於潜、昌化，后又下三墩，攻卖鱼桥清营。十月初一日太平军战于岳坟、六桥一带，并抢占湖心亭作水上进攻据点，不久对杭州形成合围之势，十一月二十八日太平军自凤山、候潮、望江、清波诸门攻入杭州城内，十二月初一日攻入内城（旗营）。自此时至同治三年（1864）二月二十四日，太平军前后据杭州城两年三个月。

文澜阁在杭州西湖孤山风景区，毗邻岳坟、苏堤六桥及湖心亭。一旦岳坟、苏堤六桥成为战场，文澜阁是覆巢之下，焉有完卵。战乱之中，文澜阁僻处城外风景区，以情度之，守阁之人亦必已离阁逃命，处于无人看守状态。尽管咸丰十年（1860）太平军攻杭州，城内及南山一带战斗较烈，但因为时较短，损失不及。及至十一年（1861）秋文澜阁一度作为太平军兵营，又加战场即在其旁，故终导致阁圮而书散。