元、明二王朝南、北方的差异对立由来已久，实际上是第二个南北朝长达317年的隔绝对峙在元统一以后政治的、文化的惯性持续。这种持续的直观表征往往是：区域上的南方、北方的差异或对立，族群上的南人、北人差异或对立。应该承认，元统一等政治变化之后，原有的南朝、北朝线索遂转换为南、北方线索，又很快出现南、北线索或差异的兼容与初步整合。
朱元璋建立的明朝虽定都南京，但继承元朝制度颇多，这与朱棣迁都燕京及朱元璋、朱棣父子带有个性色彩的南、北政策有密切关联。朱元璋本人及旧部基本属北方人，又兼他和张士诚、陈友谅长期斗争及多数苏松士人党附张士诚，故朱元璋与江南士人一直是对抗多于合作。建文帝则重用齐泰、黄子澄、方孝孺等江南士人，坚持的是与乃祖迥异的南方本位。朱棣“靖难”起兵燕京，军事上的依赖力量含有元朝降将张玉、火真（蒙古人）以及骁勇善战的蒙古朵颜三卫，北直隶又充当其军力和财赋的可靠后方，燕京及大漠南北还是朱棣戍守征战的功业所在，故他奉行的无疑是比朱元璋更明确的北方本位。正是朱元璋——朱允炆——朱棣南、北政策倾向的变异，造成了明前期与元朝相似的南、北方对立的政治格局。
前述元朝与中唐两宋略有不同的职业户籍制、全民服役、分封制、官营手工业、儒士边缘化倾向、君臣主奴化等，对明前期的影响既深且重。明朝的军户制，“配户当差”的户役法，官府手工业和匠籍制，纸钞制，政治经济的南北反差，行省三司制，宗室分封，诛杀功臣士大夫等，都可以看到元制或北制的影子，都是被明朝统治者略加变通后沿袭下来的。第二个南北朝的北朝或北方线索，在明前期仍然在顽强地发挥作用，有些甚至是支配性的。
明朝南、北两线索的整合被分为前期和中叶两阶段进行，第一阶段是前期北制占优势的整合，第二阶段则是中叶南制占优势的整合。其结果南、北两线索或体制并行发展的局面就拖延了将近200年。如果加上南宋金元时期的242年，第二个南北朝和元、明南北方两线索并行发展的历程，竟长达四个半世纪以上。于此，人们不能不正视它在唐宋变革后的重要性，这也是拙文重点论说第二个南北朝发展线索问题的缘由。
明中叶的情况较前期有了明显改变，南北线索或体制开始实施第二阶段的整合，而且是改为以南制占优势或为重心。主要表现在军户制，“配户当差”的户役法，官府手工业和匠籍制等相继被南朝或南方的相关形态所代替，结果是唐宋变革所代表的南朝线索逐渐成为主流。
明初创立卫所制，但依然沿用元朝的军户制。英宗正统末开始，朝廷派官员四方募兵。经过整合，军户制过渡到募兵制，意味着明代军制的基础部分又回归到唐宋变革所代表的南朝线索或体制方面。
明初沿袭元制，实行“配户当差”的户役法。其松动可以追溯到英宗正统年间田赋折纳货币的“金花银”。而后，一方面是正役不断改革，一方面是徭役（杂役）改革。最终是万历年间张居正的“一条鞭法”，融入明中叶赋役改革成果，重新把赋役纳入“两税法”轨道。这又意味着明后期赋役制同样回归到唐宋变革所代表的南朝线索方面。
明前期沿袭元制，官营手工业一直是手工业的主体，并长期实行工匠世袭的匠籍制。中叶以后，陆续出现变化。一是景泰五年将原先的五班轮流，一律改为四年一班，以减轻工匠负担；二是成化二十一年全面实施的班匠征银免役。由此后期的手工业转变为以民营为主和重在征税的新体制。
总之，经过军户制、户役法、匠籍制等内容的南北线索或体制的整合，明后期又重新回归到唐宋变革所代表的南朝线索方面。然而，在某些领域内元朝或北朝的东西或改变无多，或依然如故。
君臣关系经元入明，步入最黑暗的时代。在元代及以前，君主有道，君臣相得，士人可以出而仕；君主无道，君臣不相得，士人可以退而隐。隐居山野的名儒士人是否被君主以礼招用，还成了君主有道与否的重要尺度。然而，朱元璋前揭《大诰》面世后，士大夫退而隐居山林的权利或自由也被剥夺，这从体制上应该是承袭元制。朱棣镇压建文帝敌对势力，重点打击的又是方孝孺为首的文臣儒士。尽管明代的科举学校都得到发展，但士大夫并没有恢复到宋代的地位。相反，一直受到皇权的强有力压制，一直处于被朱明皇帝任意惩处的奴仆地位。以王阳明为代表的理学也转向“心即理”、“致良知”的心学系统，不再强调道与道统。这给人的初步印象是，经过元朝和明前期君主独裁与臣僚奴化的政治文化“洗礼”，“与士大夫共治天下”的黄金时代早已一去不复返了。从理论讲，皇帝独裁专制应该以贵族政治的式微为前提的。但是，在贵族政治基本完结以后的官僚政治条件下，皇帝独裁专制又主要是以臣僚奴化为代价来强化自身的。两宋的皇权虽有加强，但它属于唐宋变革中的“君权相权互动之下的君主专制化”。元明承接了第二个北朝臣僚奴化的野蛮旧制，清代也与此相似。所以，这段时期皇帝独裁专制，在贵族政治削弱的情势下反而得到了前所未有的膨胀发展。人们不必过多责怪朱元璋父子个人专横残暴在上述膨胀发展的角色作用，更应该注重北朝臣僚奴化旧制所形成的历史惯性在助长元明清三代皇帝独裁专制的特殊效用，更应该注重这种情势下君臣关系的理论构架和士大夫的认同是否发生较大的变化。
