汉初余杭曾短暂属于韩信楚国江南部分。高帝六年（前201），韩信楚国国除，会稽、鄣二郡改属刘贾荆国；十一年（前196），淮南王英布反，刘贾被杀，国除；十二年立沛侯刘濞为吴王，王故荆国地；景帝二年（前155），削吴会稽郡，诏书甫至，吴国遂反。景帝三年（前154）七国之乱后，吴国被一分为二，景帝以故吴内史（即汉初东阳郡）、鄣郡置江都国，徙汝南王刘非于此，而以会稽郡自属。此后属会稽郡管辖的余杭县，再次回到中央政权的直接统治下。

汉景帝时以会稽郡自属，史籍中有明确记载较少。但《盐铁论》中颇有提及：“故因吴之过而削之会稽，因楚之罪而夺之东海。”其具体时间《越绝外传三》中也有提及：“汉孝景帝五年五月，会稽属汉。”七国之乱后将各王国边郡纳入中央管辖，是普遍采取的政策，如庐江、豫章两个南边郡就在此时被纳入汉土。而吴国有内史与会稽、鄣郡，会稽郡为吴地南边郡，乱平后也被收入汉地。此外，刘非江都国所辖东阳、鄣郡二支郡，马孟龙先生认为，江都国并未辖有鄣郡，仅被益封了其北部数县，其中部、南部均被归置会稽郡。而会稽郡的郡治和都尉也基本在故鄣、山阴、钱唐之间更换。《越绝书·吴地传》“汉文帝前九年，会稽并故鄣郡，太守治故障，都尉治山阴。前十六年，太守治吴，郡都尉治钱唐”。七国之乱后，景帝对会稽、鄣郡的行政区划进行了大量调整，余杭析置富春极有可能便在此时。而此时余杭的地位略有下降，这或与富春县已析置，使得余杭渡口不存有关。

新莽时，余杭短暂更名为“进睦”，未几复名余杭。

东汉时期余杭县建制，历来比较有争论的是其与钱唐县的关系。目前较为流行的观点认为，东汉建武六年（30）并钱唐县入余杭；光和二年（179）恢复钱唐县。

这一说法最早出现于南宋《咸淳临安志》中。《咸淳临安志》卷十九：“东汉光武，废钱唐。东汉《郡国志》所载会稽、吴郡诸城与前地理志合，独不载钱唐。范序云：凡前志有县名今所不载者，皆世祖所省。按：世祖纪建武六年并省四百余县，此盖其一也。后百五十年灵帝光和二年封朱隽为钱唐侯，钱唐之名至此再见，第未知复于何时，史无所考。”此后被明清各志书所沿用，如成化《杭州府志》：“汉平帝时更名泉亭，寻废，复名钱唐。光武建武六年省钱唐，灵帝光和二年封朱隽为钱唐侯，地属侯封，自汉省钱唐后三国晋史不见，不详复于何时。”万历《杭州府志》：“新莽初更名泉亭。世祖建武初复旧，六年废钱唐，灵帝光和二年封朱隽为钱唐侯，地属侯封，其复不知在何时。按：世祖废钱唐后至此百五十年而钱唐之名再见，中间必有后置，月日史无所考。”

清乾隆间人王鸣盛进一步完善此说，并指出《后汉书》所载郡国系据汉顺帝永和年间（136—141），则钱唐县应为永和五年之前所并省；又举《后汉书·戴就传》“扬州刺史欧阳参收（戴）就于钱唐狱”，事在延禧四年（161）之前，则钱唐县应于东汉永和五年（140）以后复置。今人奚柳芳先生进一步考证戴就囚狱的时间，认为应在吴郡未从会稽郡分出的永建四年（129）之前，并指出《续汉书·郡国志五》“安帝又命属国别领比郡者六，又所省县渐复分置”，认为钱唐县的复置极有可能在汉安帝时期（107—125）。此后便被现在各志书所沿用。

朱儁

对于钱唐县是否废除这一问题，历来就有争论。清康熙间人何焯通过例举灵帝时封朱隽为钱唐侯以及“戴就”事认为“当时未尝并省，盖阙文也”。这一观点也被后来的光绪《杭州府志》所沿用。民国《杭县志稿》列举大量西汉末年避居钱唐的中原士族，认为“钱唐地濒海，为中州人士避乱之地，户口当有增无减。建武省县为百姓遭难、户口耗少而发，钱唐断不与其列”。民国《杭州府志·建置沿革考》在列举前文各观点后，又指出：“《论衡·书虚篇》云：今时会稽丹徒大江、钱唐浙江，皆立子胥之庙。又云：余暨以南属越，钱唐以北属吴。钱唐之江两国界也。《论衡》作于章和二年以后，是章帝时有钱唐也。《吴地记》诏：司空王袭封，从钱唐江中分，向东为会稽，向西为吴郡，是顺帝时有钱唐也。此后则灵帝封朱隽为侯。其未尝并省，何氏创论实确论。”“无此县，属会稽郡，今人周振鹤先生认为：《续汉志》《汉志》《后汉书》卷八十一《戴就传》载，就曾因会稽太守成公浮案被收于钱唐县狱，据此载可断定在顺帝永建四年前会稽郡即领有钱唐县。而钱唐在浙江北岸，会稽析置吴郡时，应改隶吴郡，故《续汉志》显然失载该县，当补。”徐舜年先生通过详细的列举和考证，认为《续汉志》吴郡有安县而无钱唐，安县今地无考，当系钱唐之误。

西汉时期的余杭与富春

实际上，《续汉书·郡国志》中所依据的时间以东汉顺帝永和五年（140）的册籍为断限，其所记录的郡县并不能完全反映东汉初的郡县情况，且《郡国志》在记录郡县时多有漏缺，如广陵郡之海陵县、会稽郡之东冶县和候官县、犍为郡之堂琅县等等，以其未录钱唐县而认为其省并，在逻辑上并不严谨。其次，建武六年光武帝省并郡县，其主要原因是新莽以后长期战乱及饥饿疫病所造成的户口锐减，但钱唐县在两汉之际未及战火，且北方士族大量南迁，人口经济反而大增，并不符合裁撤的标准；这一时期如钱唐朱氏、范氏均为影响一方的大族。再次，从地理单元上来讲，余杭与钱唐虽为临县，但余杭整体地势呈“C”形盆地，属太湖流域，东吴时期将余杭县划归吴兴郡时便是依此；钱唐则属浙江流域，以余杭并钱唐，并不利于治理。最后，在东汉相关文献中，其实也可见到关于钱唐的蛛丝马迹。如成书于章和二年（88）的《论衡·书虚篇》载：“今时会稽丹徒大江、钱唐浙江，皆立子胥之庙……余暨以南属越，钱唐以北属吴。钱唐之江，两国界也。”灵帝熙平元年（172），富春县孙坚“与父公载船至钱唐，会海贼胡玉等从匏里上掠取贾人财物”。因此，钱唐县于建武六年并入余杭县的观点并不能成立，以灵帝封朱隽为钱唐侯便认为钱唐复县更是不能立足。

六朝时期是奠定余杭乃至杭州后期发展的关键时期。东汉建安十六年（211），孙权将治所从京口迁往秣陵，后更名建业。作为建业后方的吴越故地，一跃从边境而成为京畿腹地。在两汉数百年经济的平稳发展后，吴越故地的政治地位在此时陡然上升。晋室南迁后，仍以建康为都城，北方大量士族豪右涌入吴会地区。而吴会地区发达的商业也使当地大量寒门士族通过恩倖关系走上政治道路。晋元帝形容此地为：“今之会稽，昔之关中，足食足兵，在于良守。”《通典》卷三十五《职官十七·禄秩》载：“梁武帝天监初……丹阳郡、吴郡、会稽等郡，同太子詹事、尚书班。丹阳尹理建康，吴郡、会稽即今郡，并列郡重者。”会稽、吴郡、吴兴、丹阳等四郡的太守，也成了直通中央的前站，如南朝宋之袁湛、南朝齐之萧惠休均以吴兴太守入补尚书、中书二省长官。此四郡太守的任命也极为考究，非士族名士无以任用，并多加以极高的政治优待。如南朝宋之蔡兴宗：“迁镇东将军、会稽太守、加散骑常侍，寻领兵置佐，加都督会稽、东阳、新安、永嘉、临海五郡诸军事，给鼓吹一部。”此四郡太守任用的考究，除去政治地位外，也与这一地区多士族门阀，非此无以镇抚有关：“会（会稽）土全实，民物殷阜，王公妃主，邸舍相望，桡乱在所，大为民患，子息滋长，督责无穷。”《晋书·孔坦传》：而坦年少，”“以（孔）坦为吴郡太守。自陈吴多贤豪，未宜临之。”《吴郡志·牧守》：“吴郡地重，旧矣，守郡者非名人不敢当。”政治地位的高升，伴随着吴会地区经济地位的不可缺失。《宋书·后废帝纪》载时任尚书右丞虞玩之对当时经济形势的记录：“垂三十年。江、天府虚散，荆诸州，税调本少，自顷以来，军募多乏。其谷帛所入，折供文武。豫、兖、司、徐，开口待哺，西北戎将，裸身求衣。委输京都，盖为寡薄。天府所资，唯有淮、海。民荒财单，不及曩日。”吴会地区的赋税，实在是建康政权所赖以支撑的根本所在。权家玉先生认为，吴会地区一直是东晋南朝的心脏地区，作为建康的财政支柱，保证这里赋税收入的稳定就成为建康政权的基础。作为会稽、吴兴等郡的望县山阴、余姚、余杭等县，自然也是这一情况的缩影。如《陈书·褚玠传》“太建中，山阴县多豪滑，前后令皆以赃污免”；《梁书·沈瑀传》“（余姚）县大姓虞氏千余家，请谒如市，前后令长莫能绝……有豪族数百家，子弟纵横，相庇荫，厚自封植，百姓甚患之”；《晋书·庾冀传》“时东土多赋役，百姓乃从海道如广州”。从近些年余杭考古发现的情况来看，基本也是以六朝墓葬为主，且多为砖室墓，正是此时“豪族纵横”的实际反映。

伴随着政治和经济地位的抬升，余杭县及周边区域的行政区划也多次调整，主要是将镇抚山越后的区域析置新县。东汉建安十三年（208），孙权遣贺齐击山越，分歙县东之叶乡置始新县，分歙县南之武强乡置新定县，此为淳安、遂安建县之始。建安十六年（211），析余杭县西部置临水县。东吴黄武四年（225）前后又分富春立桐庐、建德等县。这基本奠定了今杭州西部的行政区划。

此后辖郡虽然多次调整，但未几便回归原状，如钱唐、富春等县多次置郡，寻而废除。东吴黄武五年（226），于富春县置东安郡，七年废东安郡。宝鼎元年（266）余杭县改属吴兴郡，钱唐县则仍属吴郡：

“今吴郡阳羡、永安、余杭、临水及丹阳故障、安吉、原乡、於潜诸县，地势水流之便，悉注乌程，既宜立郡以镇山越……分此九县为吴兴郡，治乌程。”此后余杭基本属吴兴郡不变。谭其骧先生认为，孙吴以来钱塘江下游发展已有分建一郡的必要，但还找不到一个已具有相当规模并适宜做郡治的大县，只得在江口诸县中随便择一而治，郡则略置屡废，郡治则迁移靡定。

隋平陈后余杭县短暂作为州治，开皇九年（589）隋废钱唐郡改置杭州于余杭县，以绥安、钱唐、盐官、余杭四县合置杭州，此为杭州之始。但次年杨宝英攻克杭州，称大都督。杭州移治钱唐县，不久起义被杨素镇压，十一年于柳浦西依山新立杭州州城。隋唐时期杭州州郡名称虽多有更变，如隋大业三年（607）改杭州为余杭郡，唐武德四年（621）复余杭郡为杭州，天宝元年（742）年改杭州为余杭郡，乾元元年（758）又改为杭州，但州郡治一直位于柳浦西，延续至今。余杭县行政区划虽略有调整，但也基本属杭州，无大的变化。