宋端宗景炎元年（1276），为元世祖至元十三年，这一年，临安陷落于元军之手。三年后，崖山海战，宋军覆灭，左丞相陆秀夫（1235-1279）背负少帝赵昺投海殉国。临安在被元军攻克时曾燃起大火，据说火势蔓延，皇宫焚毁殆尽。南宋国子监、太学以及石经阁随之俱废，石经自然再无人打理。

而且，石经作为前朝皇帝的御笔文物，在元朝新贵的眼中，即便不是可以被肆意凌辱的对象，也不可能受到悉心保护。元世祖至元十五年（1278），临安改名杭州。这时候，吐蕃僧人杨琏真加（又写作杨琏真珈、杨琏真伽、杨琏真佳）甚受元朝皇帝的重用，在宰相桑哥的提拔下，被委派为江南释教总摄，管理江淮地方佛教寺院。但此人是个杀害平民、无恶不作的恶棍，他还盗掘过南宋帝陵和大臣墓百余座，侮辱过南宋君臣的尸体，无怪乎想要取石经来建造寺庙，如果这一行径得逞，我们今日就很可能见不到南宋石经了。

当时任杭州路总管府推官的人，复姓申屠，名为致远，字大用，其先世居住在东京汴梁（今开封）。申屠致远少年时曾肄业府学，聚书万卷，素有文声，对南宋文教极有感情，在南宋灭亡后，他曾上言元朝，请求妥善保管南宋图籍，“江南学田，当仍以赡学”；而且这个人清修苦节，耻事权贵，历史就把阻止杨琏真加毁坏石经的重任，放在了申屠致远身上。通过申屠致远的努力，南宋石经算是逃过了一劫。

申屠致远的确在任上保护了南宋石经免遭劫难。史称：“西僧杨琏真加，作浮图于宋故宫，欲取高宗所书九经石刻以筑基，致远力拒之，乃止。”人们对杨琏真加非常憎恶，斥之为“杨髡”，而对申屠致远则颇为敬重，有人就作诗称赞道：“伟哉申屠力，力挽焚冈势。”

尽管如此，南宋太学旧址并没有得到很好的保护利用，反被用作江南浙西道肃政廉访使司的治所，“学废，礼殿独存”的状况无法得到改变。直到至元末年，徐琰任肃政廉访使，乃将衙署之西的这太学故地改为了书院。

话说当时改建的主要原因其实不在对南宋太学的保护，而是其地从前是前朝的名臣岳飞的府邸，徐琰字子方，号容斋，又自号汶叟，东平（今属山东省）人，深于诗文，少年肄业东平府学，所以他对学校、对教育是很有感情的。他曾有一位僚属，就是创作了《富春山居图》的大名鼎鼎的黄公望。元人以廉访使掌风纪监察的官，对岳飞的名节很是推重，故“来长风纪者莫不以作兴为先务”。在至元二十八年（1291）的时候，太学旧址左侧建筑先是被用为浙西宪司的治所，右侧仍是孔庙。三十一年，在徐琰的主持下，由南宋太学旧址改建的“西湖书院”建成了。

历史上，西湖书院以刻书著名。在这所书院中，祭祀先圣先师及唐白居易，宋苏轼、林逋为三贤，这三位都是与杭州，尤其是西湖大有缘分的名人。

书院设有讲堂，旁有东西序，是教师和学生所住的斋所，名为志仁、集义、达道、明德四斋。在后面是尊经阁，尊经阁北面有一个书库。其中存有南宋太学留存下来的古旧书版，书院山长专设司书一职掌之。所藏书版约有20万片之多，可印成约三千七百余卷书籍。南宋御书石经以及孔门七十二子画像石刻都保存在这里。

▲孔子及七十二弟子像赞部分

延祐三年（1316），时任江浙廉访使周德元把尊经阁改建为彝训堂，并扩建了书院藏书库。这一次扩建对建筑格局的旧貌改变是比较大的。又过了五年，元顺帝至元元年（1321），新任廉访使胡祖广和浙东道宣慰使铁木哥（特默格）等人重新修缮大成殿，对东西序的师生宿舍也修葺一新，从此，西湖书院之盛，“遂为浙东西之冠矣”。

元统二年（1334）秋，西湖书院中大成殿的东南角遭到损坏，然而主管修缮的官员没有能够好好规划，要把大成殿整体翻修，这样不但花费极大，而且工期拖得很长，原有的建筑结构非但不能得到保护，反而会被破坏，而且，恐怕这种工程少不了有人从中贪污吧。于是，整体修缮还未初见成效，工程欠款就已积累了不少，如何继续实施也就成了问题。御书石经所在的位置距离大成殿很近，是否因大成殿坏而受损，或因整体翻修而未受保护，都不无可能。

再加上元末各地起义频仍，石经的境况实在好不到哪里去，尤其是至正十二年（1352）的一次动乱对书院与石经冲击较大。据说那时整个杭州城都遭受了“城燹于兵，书院亦废，象设陊剥，庭庑污秽，居人马迹，交集其中，书籍俎豆狼籍弗禁”，书院建筑“曾无一瓦之覆，虡业窘于煨烬”，而且“石经委诸焦土，士类无所依归”，惨淡景象，不难想见。

等到十三年（1353）冬天，光禄大夫、江浙等处行中书省平章政事康里庆童携属官准备着手修葺书院，十四年五月开始，至十五年五月完工，进行了一年之久。竣工之际，承务郎、江浙等处儒学提举王大本撰写了一篇《杭州路重建庙学碑》，对此大加赞扬，以为是“否倾而复，圮极而崇，所以默相斯文者，天意固有所属矣”，遗憾的是，建筑虽能修缮或是新建，但对文物的损毁却是不可逆的，想要复原石经已经是不可能了。没过几年，十七年（1357）九月尊经阁又坍塌了，书库亦倾圮。虽然其后屡有修缮，但石经所受的伤害日甚一日，如江南浙西道肃政廉访使丑的、郡监谔勒哲特穆尔等“至正十八年冬十月至十九年春正月”修复尊经阁，二十年春张士信也尽量将“缺者补之，弊者易之，弱不支者壮之”，二十一年又修缮书版。张士信是张士诚之弟，在张士诚投降元朝之后，张士信担任了江浙平章，兵燹之际，尚不忘文教。没过几年张氏兄弟和元军都被朱元璋击败，明朝建立，国家与社会逐步安定了下来。

明洪武十一年（1378），西湖书院所在地改用为仁和县学，院藏图书和书版奉命北移南京国子监，妥为保管，而石经还在原地经历风霜。洪武末年，仁和县学迁址到靠近城西的贡院，就在旧城涌金门之南（今南山路上）。当时石经也随之而来，但是保存状况堪忧，据说“岁深零落，踣卧草莽间，而龟趺螭首十缺其半”。

明宣宗宣德元年（1426）夏，监察御史常熟吴讷巡按浙江。吴讷（1372-1457），字敏德，号思庵，江苏常熟人，平生力学，永乐中以医荐至京，仁宗洪熙元年（1425）授监察御史。明年为宣德元年（1426），夏季，他巡按浙江，在杭州偶然见到仁和县学御书阁毁圮，发现石经零落，不由得慨然兴叹，所谓“小者搘墙布行径，大者颠倒横沟渠。遂令至宝遭污蔑，谁复张眼来睢盱”？他想到先秦的石鼓久已不知所踪，东汉的熹平石经也陈埋地下，一般人提起石刻，总会想到王羲之《兰亭序》刻石，人们爱好书法，将《兰亭序》刻石，辗转摹勒，不下数十百本；但《兰亭序》不过只是书法，其内涵远远不能与圣人的经书相比，可谁又会想到这些石头上的经书、民族的至宝，命运是如此坎坷。

▲吴讷像

于是，吴讷命令杭州知府卢玉润率领教官生徒四处收拾，寻得不少完整的石经，也发现了更多碎折的石碑，一一补辏，竟有百片之多。吴讷、卢玉润等人就将这百余片石经安置在大成殿后及两庑之下。抢救保护大功告成，令老百姓交口称赞。

转年秋，七月初吴讷作了一首《石经歌》，镌刻于碑，以志其盛。其中有两句“陵夷百年阁既毁，石经倒折谁匡扶”，就是回顾南宋以后石经阁中御书石经的悲惨遭遇的，吴讷对此尤感痛心，他有一种保护石经的使命感。还有几句是描写他们的抢救工作的：

急命郡守集吏卒，手舁绳曳来庭除。

爬挲剔洗去垢秽，灰粘铁钮相联挐。

寻行数字共合辏，妥置长廊宽更舒。

东西峙立无杌陧，深檐盖护何他虞！

零残块砾埋殿后，免遭贱辱遭泥涂。

由这些诗句可以看出当时工作的艰辛：对完整的大石碑要“手舁绳曳”，对残破的小石碑要“寻行数字”加以拼合，“灰粘铁钮”固定起来，然后加以清洗除尘，妥善保存，至于更小的碎石也颇加敬惜，虽然不能拼成整碑，但也要掩埋在殿后，以“免遭贱辱”。吴讷等人，可谓是保护南宋石经的大功臣！

吴讷在修缮石经的同时，还做了另外一项工作。

原来，仁和县学除御书石经以外，还保存有李龙眠的《孔门七十二贤画像》石刻和宋高宗御制《宣圣及七十二贤赞并序》石碑以及秦桧专门为此所作之《记》，这自然也是南宋太学的遗物。秦桧在历史上太过恶名昭彰，因此，与保护石经不同，吴讷命人凿去了秦桧记文，自己另作一文取而代之。他之所以这么做，其实与保护石经出于同样的心理。吴讷所鄙夷的，是“邪诐之说、奸秽之名”，吴讷所宝贵的，是具有恒久价值的“圣人谟训”。

90多年后，到了正德十二年（1517）的时候，大书画家文征明向他的好友唐寅借来了一摞拓本，在住所里，仔仔细细欣赏揣摩了好几个月。文征明借观时，并未弄清这百余张拓片究竟写的是什么，因为唐寅自己也弄不清楚，自然也就没的说。文征明对着残拓，研究了好些时日，又獭祭史书，上下考索，有一天终于搞清楚了这就是南宋石经的拓本。在当年的端午节那天，文征明秉笔题跋，把这南宋石经的来龙去脉简略记了下来，其中不忘记述“国朝宣德初，吴文恪公按浙，命有司追访”云云。吴讷的功德没有被后人遗忘。

可惜的是，在之后的继任主管官员中，像吴讷一样对石经这样的文化文物尽心尽力保护的却并不多见，如果有，那就是宋廷佐了。

同样是在正德十二年（1517），浙江巡按监察御史宋廷佐在仁和县学视察，见到了斥弃于瓦砾中的南宋石经，感到异常痛心。因思府学较县学条件更好，更有利于保护南宋石经残碑，乃与杭州知府留志淑一起，把石经残碑向东迁移到了西湖东南侧吴山脚下的杭州府学，也就是今天位于杭州市上城区府学巷8号的孔庙与碑林所在地。一同迁来的其他一些石刻，如苏轼《表忠观记碑》等。从明正德十二年到如今，宋高宗御笔书写的石经已庋存在这里超过500年。

▲杭州孔庙

其实，此前有一位巡按御史张承仁早也想把石经移往环境更优越的府学中去，没想到仁和县学有一位固执的教谕，名叫李璧，执意不从。张承仁有些意外，心想我只是要把石经加以更好的保护，又不是想私藏，缘何不可？李璧怎么这么死脑筋。

李璧却说：“明台您贵为全浙之主，想要干什么自然都可以。可我李璧就是这仁和县学的官员，我就要为仁和县学保守故物，就好像子孙守护自家祖宗的宗器一样。我要是听了您的话，那还能算是孝子贤孙吗？您想要移动石经也可以，先把我的官免了，我就没有责任了。但只要我当一天仁和的教谕，任凭谁也不能把石经移走！”张承仁听了李璧这一番话，心中不免暗暗生出一股敬意，遂没有再为难他，仍将石经安置原处保存。直到宋廷佐来视察，李璧已经退休，迁移石经的事情才得以解决。

宋廷佐与留志淑也是保护南宋石经的功臣，明朝大学士杨一清（1454-1530）称赞他们的措施有关风教，认为他们二人称得上是有“儒者之心”。杨一清还说：“经书之在世，犹日丽天，水行地，不假形器而存，与天地同悠久者也。”但是“非常之变，或出于意料之所不及，有斯文之责者，不得不忧，托诸贞石，以寿于无穷，亦维持世道计耳”。可惜石碑上的经书，也会有遭到损坏的一天，这就需要有“儒者之心”的贤人出来维护。在前后近百年间，吴讷和宋廷佐两位监察御史来到杭州，承担起了从废墟中拯救南宋石经的重任，称得上是一段文物保护的佳话了。张承仁与李璧二人，虽然观点不同，但他们守护石经的用心却是一致的。高宗御书石经，在南宋败亡之后，历经劫难，能遇上这些具有“儒者之心”的护碑人，真是不幸之中的万幸！