民国十五年（1926）十月，陈三立离开杭州之后，每年清明上坟扫墓，基本上都由陈方恪率其家人为之。抗战期间，陈方恪生活在南京，周旋于日伪人士间，清明扫墓之事仍在进行。民国三十七年（1948）6月陈三立归葬杭州之后，从潘益民等所著《陈方恪年谱》中未见陈方恪于清明节前后到杭州扫墓的记载。1948年冬天至1956年，陈隆恪（1888-1956）工作、生活在上海，因年岁已高，很可能未曾亲自前往杭州祭扫父母、兄长之墓。陈寅恪于1949年1月南下广州之后再未离开。陈登恪（1899-1974）则一直在武汉大学任教，因路途遥远，也不太可能远赴杭州。所以，在中华人民共和国成立前后，陈三立诸子因各种原因皆未能赴杭州牌坊山扫墓，各种原因之中当然有时局的因素。

然而，就在这个时候，陈三立墓园突然被要求迁移。1951年6月，解放军海军某部拟征用牌坊山之地修建疗养院，有关部门于当月6日公告，限区内坟冢20日内迁葬，逾期则由公家发掘。墓茔看守人应品森得知此事，立即致信陈方恪，陈氏兄弟闻知，无不焦虑万分，分头动用各种关系力保父兄之墓。陈隆恪恳托陈三立的忘年之交李一平以及陈叔通、章士钊等民主人士设法挽救。陈方恪则向负责华东军区的陈毅司令员写信，恳求政府能够保留其父母和长兄长眠之地。信是这样写的：

陈方恪之所以写信给陈毅，与他与陈毅的交往有关。1950年8月，柯庆施等华东局暨南京市的军政领导在玄武湖公园接见南京文艺界知名人士，与胡小石等人交谈中问及陈方恪等人的近况。不久，方恪自沪回宁，应约前往南京市委统战部谈话。10月，陈毅、柯庆施等宴请南京文化名流，方恪应邀。两桌人，方恪坐在全是军政首长这一桌，宴后陈毅与方恪谈话，谈及散原老人诗文，结束后用柯庆施的汽车送方恪回家。之后，在军政领导的关心下，陈方恪不但被安排到南京图书馆工作，还迁入新居，生活条件大为改善。这是陈方恪致信恳求陈毅的背景。

不久，海军某部停止征用牌坊山黄泥岭之地，陈墓得以保全。笼统地说，这自然是陈氏兄弟努力的结果，但具体而言，则是多方面作用所致。最主要的功劳当归李一平。按，李一平（1904—1991），出生于云南大姚县。早年，参与领导南京市的“五卅运动”，参与广东革命政府关于出师北伐的策划工作。民国十九年（1930）称病脱离国民党军政界，在庐山创办“郊庐精舍”学堂，实践教育救国的志愿，其间与陈三立交往甚笃。民国三十一年（1942），应云南省政府主席龙云之邀，赴昆明共商局势及抗日谋略。1949年，代表龙云到北京，与周恩来、董必武等中共领导人共商起义的具体部署，为云南滇军起义和云南和平解放做出重大贡献。后奉党中央指示，陪伴龙云从香港回到北京。1950年，李一平被任命为云南省政府委员，并以教育界特邀代表身份出席全国政协一届二次全体会议，同年冬被任命为中央人民政府政务院参事。1953年，参与发起成立了中国佛教协会，并当选为历届常务理事。1954年被任命为国务院参事。因李一平与中共高层的密切关系，陈隆恪等得知迁墓消息之时，第一时间就想到了李一平。李一平得到函告，立即联系在京民主人士通过各自渠道请求高层出面制止，他自己则向周恩来报告，周恩来以中央名义电令华东局保护好陈墓，令某部撤销征用牌坊山山地计划，并规定在距离陈墓若干范围内不准建造任何建筑物。这是一个非常圆满的结局，陈氏兄弟一颗悬着的心终于放下。嗣后又经李一平出面，陈墓于1956年被定为浙江省二级文物保护单位。据说，后来有一次陈毅请李一平吃饭，陈毅说：“接到总理电报，我立即将那些人狠狠批评了一顿，告诉他们，如果我们共产党人把陈三立的墓都挖了，我们将何以谢天下！”以陈毅的性情、才情以及与陈方恪的交往，陈毅这样做应该是事实。其实，退一步说，即使周恩来不作命令，作为华东局军政首长的陈毅也会出面制止这个征迁计划。杭州的海军疗养院后来建在毗邻西湖的玉皇山下，至今犹在。

有说，远在广州的陈寅恪为保护父母、长兄之墓也发挥了作用。陈寅恪当年在德国留学时，与周恩来有过接触。陈寅恪为迁墓之事曾致函周恩来，希望得到帮助。此说可疑。但不管如何，陈寅恪得知迁墓消息，也是焦急万分。当年9月14日（八月初十日，陈三立忌日），陈寅恪作了一首七律《有感》：

所谓“有感”，是在父亲忌日想念父母，想到唐朝诗人白居易死后葬北邙山，洛阳士庶及四方游人经过其墓，必奠以卮酒，以致墓前隙地常常泥泞。父母葬事，陈寅恪皆未亲历，是当为他一生中之一大恨事。晚年以“废残”之身栖身岭南，上冢既不可得，只能“梦回”“遥祭”，更是恨上加憾，不意听闻先人坟茔几将不保，于是写下“岂意青山葬未安”“惭痛孤儿泪不干”之句，心中之沉痛可想而知。

殊不知，经此一番惊险之后，诗人陈三立还是“葬未安”。1962年，陈墓文物保护单位资格被撤销。“文革”期间，墓园遭劫，园内大小建筑物净尽，幸未扰动地下灵榇。是为陈墓第二劫。1986年夏，经李一平奔走呼吁，始由公家拨款8000元，围绕两座坟墓，砌以砖墙，稍复坟头模样，而墓园早已辟为茶地。

可是，不过数年，陈墓又遇第三劫。1991年杭州西湖风景区开始清理墓葬，凡未重新登记者均作无主坟处理。陈寅恪的大女儿、远在成都的陈流求于是年年底专程赴杭，得知祖墓已由程融钜嘱其学生代办了登记手续。然事情并未中止，陈氏后人得知，清墓行动还是波及了本不在清理范围之内的祖墓，陈三立与俞夫人合墓前于1986年所立的石碑被腰斩，原碑上文字“诗人陈散原先生暨夫人俞氏之墓”仅存“之墓”二字。陈流求再度赴杭，将原碑照片放大，摹定勒石，立于祖父母墓前。但今日实地所见，两墓前树立的并非石碑，而由水泥浇铸，墓碑文字由杭州书法名家郭仲选所书（据陈氏后人所摄照片，1986年10月修墓之时所立之碑系薄石板，碑上文字亦为郭仲选所书），文字勒刻较为粗糙。据陈寅恪三位女儿所著《也同欢乐也同愁》，此碑系杭州市园文局钱江管理处于2007年4月重修墓园时所立。

陈墓在“文革”期间的遭遇，处于困厄之中的陈寅恪、陈登恪极可能无从得知，否则岂止“惭痛孤儿泪不干”所能抒发？1980年代之后的变故，系陈氏兄弟身后之事。这些变故，正应了陈寅恪诗中“几番陵谷碣碑完”之语，智者如陈寅恪自有此等预见。