余杭区经曾为钱唐（塘）、钱江、仁和、杭县和余杭县境，其治所代有变动。

一、钱唐（塘）县

自秦代置钱唐县以后至南北朝，县署址史籍记载不详。秦汉时位于灵隐山下。隋开皇十一年（591年），杭州州署与钱唐县署同设在凤凰山麓柳浦西，“柳浦当即今城东之贴沙河，河上犹有桥曰夸浦，桥南旧有浙江亭，为驿路所经。柳浦一带盖自晋宋之际已涨平陆，宋后遂为津渡要地”（谭其骧《杭州都市发展之经过》）。“钱塘县，附郭，在府治西。《旧唐书》：‘隋时县在州治南，贞观六年移县而北，去州治十一里，寻又移治于新城。开元二十一年还治州郭下，二十五年复移州治南。’《通志》‘宋尝徙于钱唐门外，寻还城内，后徙今治”（清顾祖禹《读史方與纪要》卷九十《浙江二》。唐贞观六年（632年），县署迁入钱塘门内（今教场路一带）。南宋初，钱塘县署又移纪家桥西北华严寺故址。明洪武四年（1371年），迁钱塘县署于杭州府署西侧（今河坊街西段北侧仁和署一带），至清代不变。

清钱塘县、仁和县署位置，选自乾隆四十九年（1784年）《杭州府志》府城图（局部）

二、钱江、仁和县

“仁和县，附郭，在府治东。唐钱塘、盐官二县地，五代梁龙德二年钱氏割置钱江县，治武林门内。宋太平兴国四年改今名，寻徙府治北。元移今治”（清顾祖禹《读史方舆纪要》卷九十《浙江二》）。五代梁龙德二年（922年），置钱江县，县署设在武林门内梅家桥南（今梅登高桥南）。北宋太平兴国四年（979年），改名为仁和县。明洪武四年（1371年），与钱塘县县署同迁，位于杭州府府署东侧（今河坊街西段北侧一带），至清代不变。

三、杭县

民国元年（1912年）废杭州府，以原钱塘、仁和县境合并置杭县。县署设在井亭桥东堍（今解放路、浣纱路交叉口东南）。民国16年（1927年）杭州置市，杭县县署依旧。17年（1928年），钟兆基等人呈请将杭县县政府移设临平镇，未果。民国26年（1937年）12月24日杭州沦陷。杭县县政府迁至余杭太公堂，称“党政委员会”。次年3月，在绍兴组建杭州市县行动委员会，是年8月恢复县政府。民国34年（1945年）11月，杭县临时参议会计划杭县设治留下，并向市政府交涉收回井亭桥旧址。民国36年（1947年），杭县改为直属县，省政府将拱宸桥划归杭县，作为建治之所，杭县县政府遂迁至拱宸桥。次年11月，杭县县治迁入拱宸桥省农业改造所旧址。中华人民共和国成立后仍在拱宸桥，1953年12月迁至临平镇。

四、余杭县

自秦王政二十五年（前222年）建县始，余杭镇（在城镇）即为余杭县之治，直至中华人民共和国成立后于1958年并入临安县时止，历时2180年。建县初，筑城于苕溪南岸。东汉熹平初，南湖水溢，县治由溪南移至溪北。嗣后又因苕溪洪水，迁回溪南。至宋雍熙二年（985 年）始定址溪北。“余杭城，在苕溪南。秦、汉故县治此，后汉熹平中徙溪北，寻复还溪南。唐末钱镠筑县城于溪北，周不及二里。寻又徙溪南，号为清平军。宋雍熙初复徙溪北，后因之。”“志云：溪南一里有旧城基，元至正十六年参政杨完者命部将筑以守御，亦名营盘城，今废。又县北三十里有周赧王城。晏殊《类要》云：‘赧王南游所筑。’未知所据”（清顾祖禹《读史方與纪要》卷九十《浙江二》）。至民国初，县署均在今余杭中学处。民国后期驻县署，即今省军区教导大队处。

1961年4月，撤销钱塘联社，恢复县建制，定名余杭县。县治驻临平镇西大街。

1994年4月，撤销余杭县，设立余杭市，市治驻临平镇西大街 33号。2001年3月，撤销余杭市，设立杭州市余杭区。区治驻临平街道西大街33号。

2021年4月，杭州行政区划调整，余杭区治驻仓前街道文一西路1500号。

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