孙士毅（1720-1796），字智冶，一字补山，仁和县临平(今杭州余杭)人。乾隆二十六年(1761)进士，历官内阁中书、侍读。曾随同大学士傅恒参加过清朝对缅甸的军事行动，回国后,升为云南布政使。

乾隆四十四年，孙士毅被提拔为云南巡抚。但是，此次升迁却几乎给他带来巨大的灾难。当时的云贵总督李侍尧大肆收取贿路，为云南粮储道海宁所告发。乾隆皇帝派待郎和珅、喀宁阿前来云南查治。和珅在对李侍尧仆人的审讯中,得到了李侍尧索贿的证据。于是，李侍尧被捕下狱，押回京城。作为云南巡抚的孙士毅自然也无法脱离干系，被认为对李侍尧的贪赃枉法行为隐瞒不报。一纸诏令 ，不仅免了他的云南巡抚一职， 而且被遣戍伊犁。在查抄孙士毅家产过程中，发现其家境贫寒,不名一钱。乾隆皇帝赞赏他的为官清廉，就在孙士毅流放途中，将其召回，任命他为翰林院编修，负责纂校《四库全书》。

乾隆四十九年，孙士毅出任广东巡抚。不久，孙士毅被召回北京，先后任兵部尚书、军机大臣、两江总督。乾隆五十六年，召授吏部尚书、协办大学土。这一年，西藏发生了廓尔喀族入侵事件。18世纪中叶，廓尔喀族统治了尼泊尔，不断向外扩张。西藏红教活佛沙玛尔巴因没有分到六世达赖的遗产，便勾引廓尔喀人侵西藏，大肆洗劫。清政府闻讯，即深福康安为将军，迎击入侵的敌军。孙士毅也被任命为代理四川总督，负责器械、军粮的供应。孙士毅仔细调度，克服了西藏天气恶劣和山路崎岖等困难，每次军需供应都能如期运到，为打败廓尔喀侵略军奠定了坚实的物质基础。事后，被授以文渊阁大学士，兼礼部尚书，并再次图形紫光阁。

嘉庆元年(1796)，白莲教起义首先在湖北爆发,起义迅速蔓延到四川境内。身为大学士兼四川总督的孙士毅，急忙调兵遣将，先后镇压了茶园溪、旗鼓寨一带的起义军。 六月，卒于军中，终年七十七岁,赠公爵,谥文靖。