崇文书院是专为徽州商籍子弟参加科考而设立的书院，以实行“舫课”、“遥课”的形式在杭州书院中独树一帜。

崇文书院的前身是明代的紫阳崇文书院，创建于明万历二十七年（1599），位于西湖跨虹桥西（今曲院风荷一带）。这里曾是明吏部尚书张翰的别墅。万历时，巡盐御史叶永盛每逢春秋公务之暇，召集徽州籍子弟聚于跨虹桥西的湖面画舫中，现场出题考课，然后命各舟荡漾分散。于是，一舟三人为一队，“临烟波之浩渺，览花柳之绚丽”，面对秀美湖山，凭胡为场。待鼓角奋鸣，小舟即集于大舟旁。叶永盛亲自阅卷，评定优劣，给优秀者颁奖。这在当时影响很大，被称为“舫课”。学生课卷经评比后还编成了诗文集——《崇文舫船集》。叶永盛调离杭州后，徽商在跨虹桥西侧岸边建院舍，称其为“紫阳崇文书院”，继续沿用叶氏“舫课”的形式课考学生。

康熙二十二年（1682），在安徽歙县诸生汪秦镏倡议下，书院被修复。清康熙四十四年（1705），康熙帝南巡，为书院御题“正学阐教”匾额，并题榜“崇文”，书院遂更名为“崇文书院”。其后历经7次重修，1次重建。

雍正十一年（1733），盐道张若震重修，疏其泉为月池，中为飨堂，辟其左为亭，敬摹御书勒石，后为敬修堂，再后为诸生斋舍。

乾隆八年（1743），巡抚常安重修，其后按察使徐恕、运河使阿林保相继修葺。这一年西湖书院并入崇文书院，书院规模扩大。

嘉庆五年（1800），盐政延丰复加修葺。

道光十八年（1838）巡抚乌尔恭额重修，邑人胡敬主讲，又购得隙地，在西湖边建楼“仰山”。

道光二十六年（1846）巡抚梁宝常重修。

经过多次扩建后的崇文书院颇具规模，生徒最多时达300-400人，徽商子弟在两浙登仕者乡大多出自崇文书院。

咸丰十一年（1861），崇文书院毁于兵燹。同治四年（1865），布政使蒋益澧重建书院。同治六年（1867），布政使杨昌濬因书院墙屋风损，复加修葺。光绪元年（1875），书院又重修斋舍。光绪五年（1879），布政使卢定勋重修，祀前布政使蒋益澧于西斋，并设立“食旧德斋”、“知不足斋”、“劝学斋”、“愿学斋”。光绪六年（1880），布政使德馨再次重修书院。

光绪二十八年（1902），崇文书院改为钱塘县高等小学堂。

崇文书院培养了大批徽州盐商子弟，徽商子弟在两浙登仕者，大都出自崇文书院。据统计，康熙时仅在崇文书院题名登仕者就有358人。不少徽商子弟登科后，又出任了盐官，而且有所作为，如徐旭龄于康熙九年任两淮巡盐御史，他曾上疏一言“两淮积弊”；胡文学由进士拜福建监察御史，辑有《盐政通考》，又撰有“淮鳍本论”；汪泰来由进士摄潮州府事。

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