地处三江口的严州城，在军事上也有重要的意义。唐代以前，由于政治、经济重心尚在中原地区，军事上的争夺都在黄河流域展开，江浙一带相对来说比较平静。宋朝以后，随着江南地区的开发，江浙经济日益繁荣，成为朝廷征收赋税的重要地区，人民大众与统治者的矛盾也日益尖锐，北宋末年，睦州地区终于爆发了震动江南的方腊起义。

方腊的起义活动对严州的影响十分深远。历代戏曲、小说、评话、民间故事等文艺形式对此都有反映，梅城还有方腊点将台、百花公主梳妆楼等遗址，至于方腊起义带来的社会心理影响更是难以估量。

宋末，元军围攻京师临安（今杭州），上游严州及衢、婺等州县纷纷起兵勤王。元临安留守董文炳急派副将唆都领兵赶往严州:“严州不守，临安必危，公往镇之。”唆都“至严方十日，衢、婺、徽连兵来攻，唆都战却之”。上游的稳定保证了下游的安自全，严州的战略地位从此得以彰显，“严州不守，临安必危”也成了有名的警策之语，屡屡被历代有识之士所引用。清代学者顾祖禹对严州的军事地位有精辟的论述，他指出:“宋方腊倡乱于睦州，而杭歙诸郡皆不能固，长江以南举岌岌危焉。明初规取浙右，先下严州，以重兵戍之。敌之喉吭既为我得，由是拓土开疆，芟取桀黠，岂不以地利乎哉!”（《读史方舆纪要》卷九十·严州）朱元璋发迹淮甸，取东南为基础，派大将邓愈、胡大海、李文忠率军由徽州东下，直取严州，并以严州为据点，沿钱塘江流域向南、向东扩展，在严州设立浙江行省。有明一代，严州的地位仅次于省会杭州。
    李文忠出身贫寒，不仅骁勇有谋，而且待军民仁慈，懂得争取民心。元至正十八年（1358）三月，李文忠会邓愈、胡大海兵，由皖南出昱岭关下淳安，克建德路，元守将不华弃城遁走。李文忠改建德路为严州府，朱元璋任其为帐前总制亲兵指挥使，率兵镇守严州。时州城新破，守御未备，张士诚乘机来犯。水路沿七里泷而上，陆路越乌龙岭攻州城之背。李文忠集中兵力击破乌龙岭上苗帅杨完者之兵，将斩获的首级放在木排上漂下去，下游的敌兵看到了，知道陆路已经失败，也就收兵逃遁了。

第二年三月，张士诚又派兵来攻打严州，将东门团团围住。李文忠一面守住东门，一面派人从城北小北门出，往东翻过鲍婆岭，由碧溪坞绕到敌兵之后，大破之。后来，张士诚再次来犯，文忠派部将何世明率兵翻乌龙岭，出胥口，溯流至大浪往上夹击，又大败之。从此之后，吴兵再也不敢窥视严州。李文忠这段严州战事后来被施耐庵写入《水浒》之中，“宋公明大战乌龙岭”成为“宋江平方腊”中的关键战役。

文忠在严九年，修建城池，恢复生产，保护了一方百姓的安宁。他曾出奇兵赶赴婺州，擒获杀害大将胡大海的叛将，平定了婺、衢、处三处叛乱。两救诸暨，击败张士诚部三十万大军，对于浙中地区的稳定发挥了很大的作用。明人评“诸将东南之功，李文忠为最多”（高岱《鸿猷录》）。正因为李文忠在严州牵制了张士诚，朱元璋才得以在长江中游与陈友谅展开决战，为统一江南起到了关键性的作用。

严州近代史上影响最大的军事活动当数19世纪中叶的太平天国战争。

从咸丰十年（860）九月至同治元年（1862）十一月，太平军四克严州城，与清军进行拉锯战，城中商铺、民房损毁惨重，百姓死伤无数。战后，严州元气大伤，市面萧条，原来县衙前繁华的字民街冷落成偏街。土著居民或死或逃，人口锐减，致使后来很难找到祖居之民。大量人口从上游徽、衢、婺迁来，成为梅城的新居民。