东明寺创自明宣德二年(1427年),虚白旵禅师始建。传说建文帝逊国后,削发为僧,遁栖东明寺六载。“东明寺在安溪大遮山前,建文君为僧至此,有遗像。”(明万历《钱塘县志·纪制》)“相传建文帝遁迹至此,时旭日始旦,题曰东明。自归国后,方知为帝。今范其遗像。有手植牡丹,色白如银。”(民国《杭县志稿》卷八)
先是唐道通禅师开山于此,结茅修隐,遂成为道场,历唐至明千有余载。明永乐间,虚白旵禅师自天目来安溪寻访古道场,见此处峰峦秀拔,有终焉之意。于是拓基营缮。不到两年,殿堂门庑、禅室、钟楼、库宇、僧寮无不具备,俨然一大丛刹。后因有人讹传风水相犯,法堂、方丈等悉为丘墟,寺产废为民业。明崇祯十三年(1640年),杭州蔡子公请孤云禅师主持东明寺,经辛苦经营,又成为江南著名丛林之一,其道场也远近闻名。
清康熙年间,德清愚山禅师继席,又渐兴复。民国时尚有殿宇三进,前为天王殿,中间是大雄宝殿,后即方丈殿(又名桂花厅)。“天王殿”匾额三字系浙江省省长张载阳所书。“大雄宝殿宏丽酹于灵隐”(清《东明寺志》),殿内右侧有建文帝塑像,俨然一和尚。
柱上有楹联,其云:“僧为帝,帝亦为僧,一再传,衣钵相授,留偈而化;叔负侄,侄不负叔,三百载,江山依旧,到老皆空。”四壁尚有文人题咏,如高僧玉林通琇的“绝断千丝,出头天外。反掌抛掷,乾坤趺坐,傲游沙界。这边不住空玉殿,难道重归世主宫?”方丈殿前有金银桂一株,相传为建文帝手植。1942年7月,东明寺毁于日军,只剩偏房三间,孤云禅师塔铭碑一通。1999年,在遗址上复建。东明山尚有群仙道观、九度关隘、沈括墓、赵鼎墓等古迹。