重建文澜阁经费落实后，丁丙与应宝时估核工料费为银圆一万二千九百十三元。分三次领到西洋铸造银圆一万二千元（六年十月领六千元，十一月领三千元，次年三月领三千元）。重建文澜阁工程定于光绪六年（1880）十月初八日丑时动工，十一月二十八日上梁，次年三月文澜阁落成，全部工程于九月告竣，与丁丙同董其役的邹在寅有《重建文澜阁纪事》言之甚详：
昔祖龙肆毒而《尚书》藏于孔壁，西京毁坏而鲁殿犹有灵光。自来群阴否塞之秋，微阳不绝如线，必有人绵延其际而后大有为者得凭藉之，而坠者举，废者兴，殆亦有天焉。凭依支持，非偶然也。
浙西之有文澜阁，天章炳焕，秘籍琳琅，美矣备矣，蔑以加矣。咸丰庚辛间，运厄阳九，龙威失卫，书籍狼戾散弃，莫为典守。沿湖之金碧台榭悉成煨烬，而是阁岿然尚存栋柱，非苍苍者留其余绪以有待欤？克复后，寅从事湖局，日往来湖堤上，每当钟声催暝，见碧琉璃瓦鳞鳞然，与雷峰之夕照遥相掩映，窃叹斯事体大，提举为艰。虽大吏投戈讲艺，崇文、诂经先后建复，而书阁独未之及，匪遗忘之，惧高文典册访求之不易也。
光绪己卯，茶陵谭公奉命抚浙。公昔尝守杭，稔知丁氏昆季尝冒锋镝掇拾残书于兵燹中，亟筹款振兴之，而命寅董斯役。寅回忆曩昔鸿规巨制，兢兢焉，惧弗克胜。又未敢崇饰侈丽，致伤财费也。爰临湖竖坊一座，建垂花门、宫门各三，东西边门二，角门二，其左为待漏房，内为阁之前门。阁前旧有池，池之南建平厅五。迤西为廊、为亭，东为御碑亭、月台，池之北就旧址筑阁三成。阁之东别创太乙青室，为士子愿读中秘书者憩息之所。又向西为书室五，内外庖湢，器用毕具。山石荦荦，整叠苴补，杂植花木，甃砌妥帖。四周缭以垣墙，凡六百八十四丈。
是役也，经始于庚辰之秋，阅十二月而工以成，计支用番银一万八千圆有奇。圣因寺之三门暨恭配《钦定古今图书集成》，咸取费于其中。斯诚东南文运之转机，浙省艺林之盛事，安知文宗、文汇两阁不以此为权舆，更得大有为者，出而兴举之欤！（《文澜阁志》卷下）
邹在寅的这篇《重建文澜阁纪事》以当事人的第一手材料为我们留下了重建文澜阁的宝贵文献资料，值得特别重视。此次重建，顿复旧观，且有创新，若临湖之竖大牌坊，气象更新；又新建太乙分青室，以供士子读书憩息等，皆前所未有。重建文澜阁经费原额定一万二千九百十三元，后以增修围墙、假山、御碑亭、偏屋、厨房，镌刻石碑，抄补《古今图书集成》及夹板、木橱等费用，实为一万八千银圆，超支部分亦由布政使命厘捐局照拨。事实上尚有部分经费未就公款报销，由丁丙承担。
太平军撤出杭州后，由于前之曾经据杭血战，故杭州城内及西湖景区诸般建筑、古迹等毁损较严重。同治三年（1864）后历任浙江、杭州地方官员虽曾对亟需恢复之杭州府学，钱塘、仁和县学，敷文书院，崇文书院，诂经精舍等迭加修复，但因其时急于救灾，经费困难，所以修复多因陋就简，非复旧日规模，但文澜阁却是个特例，不仅恢复旧貌，且有增构，概因一是文澜阁为浙江、杭州文脉所系，二是文澜阁为皇家藏书楼，地方官员特别重视。
