宋廷没有在战争结束之后立即大规模裁军，除了按照已有制度安置离军将官做地方添差官、士兵为牢城等兵外，将一部分理应拣退的军人留在军营，让他们做一些杂务，以及训练新兵等；或者不让他们参与军队事务，组织他们和兵民一起参与开垦荒田的活动，让他们以务农为生。当时江北荒田遍布，宋廷组织军中现役士兵进行屯田活动，又鼓励退伍将士前去开垦，给他们提供耕牛、粮种、农具等，仅收取较低的租税。此举既能改善军中将士收入，又能很好地安置退伍官兵，还减少了宋廷的财政开支，防止无家可归的退伍士兵影响社会治安。

初，江西多盗，而虔州尤甚，故命殿前司统制吴进以所部戍之。虔之禁卒尝捕寇有劳，江西安抚司统领马晟将之，与进军素不相下。会步军司遣将拣州之禁军，而众不欲行。有齐述者，以赂结所司，选其徒之强壮者，以捕盗为名，分往诸县。夜，两军交斗，州兵因攻城作乱，杀进、晟。

驻扎在虔州的禁军与殿前司军实力相当，时有矛盾，“而守将用人浸轻，往往措置乖方，纪纲不立”，不能妥善解决军中摩擦。步军司的拣军，使二军矛盾激化，最终导致军卒齐述等人的叛乱。宋廷得知叛乱后，由殿帅杨存中负责调兵遣将，令殿前司统制李耕具体指挥各路军队镇压叛乱。这次叛乱虽有数千人之众，但叛军毫无计划，很快被官军剿灭。

除了虔州军兵叛乱，还有绍兴十三年六月处州军士杨兴等谋杀守臣徐伋，事未发即被诛。绍兴十五年福建邵武军驻军“欲以夜半纵火焚谯门，杀郡守左朝请大夫赵子升。卒陈升告之，捕同谋者，皆斩”。两处情况相似，军士虽有谋变计划，但尚未实行已被镇压。绍兴十六年，金州、房州发生士兵叛乱，时任襄阳知府的陈桷立即出兵捕杀，很快平定了叛乱，然后向宋廷上奏平叛始末。绍兴二十八年四月，“福建转运判官赵不溢奏南剑州禁军作闹”，以“作闹”一语来看，南剑州禁军并无严重的叛乱之事，大概因琐事与守臣发生了矛盾，文臣上奏朝廷自然归咎于士兵，高宗强调不要对军卒姑息。绍兴三十一年七月，知化州廖颙言“军贼凌铁等见在雷、化州境内啸聚”，东南第十二将高居弁联合五州巡尉官兵将凌铁等消灭。以上是史籍记载的宋高宗朝后期的另外五次兵乱，其中有两次未遂，其余三次规模很小，皆很快被平定。虽然宋廷对将士比较苛刻，但军变很少，也反映出宋廷对各路军队能够有效的控制。所以宋高宗得意地说：“自合兵以来，诸将出入，若身之使臂，臂之使指，无不如意，兹为可喜。”

不可否认，因为宋高宗对绍兴和议的高度依赖，南宋没有趁境内经济恢复，储备战略物资，厉兵秣马，寻找时机收复故地，一雪前耻。一些令金军畏惧的名将刘锜、李显忠等人被闲置多年，世人不再崇尚军功，良家子弟耻于入伍，加之久无战争磨砺，南宋军队的战斗力无疑会下降。绍兴末年完颜亮南侵时，宋廷用来迎敌的主要将领刘锜、王权、李显忠、戚方、成闵等人，虽皆为绍兴初年的猛将，在二十年前战功显著，但此时他们已年老体衰，又为家事所累，或指挥不力，或不敢与金军交锋，纷纷败退。长江防线几于不守，宋高宗又想逃走他处。幸好虞允文在采石阻击金人成功，金军内部又发生变乱，南宋才渡过难关。宋廷没有及时选拔优秀将领，军中将领老龄化，也是宋孝宗北伐失败的重要原因。