以上凡拟目之后所增篇章，应是太炎在写手稿本第三第四册之际陆续形成的思想，其修改有可能同时进行，也有可能在手稿本交付抄写者之后进行。另，拟目有“议封禅，见《訄书》”，此篇在重订本第二十二《封禅》，北图本改题为“议封禅”，与拟目相应，底本全文也经修订，最后未收入《检论》。《河图》一篇也已修订，最后也被删去。拟目有而《检论》无，就太炎而言是前后思想的变化，然落实到具体抄写过程，假若抄写者先据拟目誊抄修改过的北图本，则必抄完后为太炎删去。

拟目为太炎构思《检论》时最初之格局。至最后刊入《章氏丛书》之定本，篇次多有移易。举例而言，拟目为《正颜》《许二魏汤李》，《检论》互换其位，中间又插入《哀焚书》。《商鞅》《思葛》《伸桓》原在《通法》《原教》之前，《检论》编入最后一卷，而《通法》亦移至《原教》后。

拟目《通谶》上下、《原教》上下四篇，最后并为《原教》一篇。拟目《争教》《忧教》二篇，最后并为《争教》一篇。手稿本《官统上》一篇，至《检论》扩展为上下两篇。以《检论》成书篇章反观拟目，知拟目虽经涂乙修改，仍与《检论》定本篇目有一定距离。手稿是送人抄清的底本，若抄者依手稿誊写，必是《通谶》上下和《原教》上下，以及《争教》《忧教》二篇，若然则抄清后太炎又经过大的改动和合并。此亦可证明手稿非最后定本。

一篇文章个别文字修改，一般读一遍就可能修改数字，所以修改是常。比勘北图本修改重订本，再到《检论》，个别移易最为常见，大段增删亦不时而有，但北图本删改重订本后不再改动，六十馀篇中亦不乏其例。前述各篇增补删除各种情况时亦有附说，不赘。

综上，凡北图本有而手稿本拟目中没有、但最后还是收入《检论》的篇目，其北图本上的改动虽不排除辛亥前手笔，但不少修改应该发生在手稿本拟目之后。凡手稿本拟目次序与《检论》不同的篇章，则多半是拟目之后章太炎的思想又有变化。至《通谶》上下、《原教》上下等篇章分合，那一定是在手稿拟目甚至抄写者完成抄写之后所改。凡此，一则证明手稿本并非最后定稿，同时也反映出从北图本修改到《检论》定本这段时间，太炎思想的波动、反复非常之大。

《訄书》是文章汇编，《检论》则俨然是一本有体系的专著。太炎在1910年曾删削增补重订本《訄书》，尚无改写成《检论》专著之设想。1914年囚禁北京时又有大幅度修改。先后二次修订，姜义华、汤志钧、朱维铮三位先生都根据姜先生校勘资料从不同角度予以揭示。但北图本所承载和凝聚的太炎多次修改的笔迹，原无法区别。及至手稿本出现，思考北图本与手稿本是怎样的关系，北图本中修改文字的时间层次逐渐分明，手稿本撰写年月的问题也水落石出。

经上述对手稿本各方面考察，可以发现手稿本与北图本撰作修改之先后。如：《訄书·颜学》，手稿本拟目先写“颜学”，后改“正颜”，而北图本亦涂改“颜学”为“正颜”，证明北图本修改在北京囚居时，且很可能手稿本拟目与修改在先。因为假如北图本已先期改为“正颜”，手稿本不可能先写“颜学”再改“正颜”。由此推知北图本和手稿本之涂改发生在同一时间段。又《訄书·平等难》，手稿本拟目作“商平等”，北图本改题“商平”，《检论》同。从词汇运用考虑，似是循“平等难”→“商平等”→“商平”思路，如果北图本已先改为“商平”，手稿本拟目就不会写“商平等”，可见拟目改题在前，北图本改题在后，最后《检论》按照北图本所改抄录。更可注意的是，拟目中“商平等”是后来插入的，此时手稿本已经写到第二册或以后，故可推论北图本改题也应在太炎撰写到第二册或之后。如北图本之修改先于插入拟目的篇名，则拟目一定会写作“商平”。而手稿本拟目没有再遵照北图本改为“商平”，是否说明在修改北图本题目“商平”及正文文字时，手稿本已经交付朱希祖而不及追改，此则尚存疑问。《正葛》一篇更特殊，北图本先改《正葛》为“议葛”，后改“评葛”，最后皆涂抹，推知“议葛”“评葛”或是1911年前所改，或是1914年年底前所改，至少是手稿本拟目前已改，所以拟目直接遵北图本写作“评葛，见《訄书》”。后在手稿本拟目上改“评”为“思”，复注“别出”。第三册“思葛”篇正文则直接写“思葛”。推原作者思维，当其在手稿上涂抹“评”字时，已经想好要改成“思”，文章结构也须推倒重写，所以不必再在北图本“评”字旁改“思”，只需直接在拟目上注“别出”，并在手稿第三册中重写。

当拟目安排“议封禅，见《訄书》”时，可知北图本已将重订本《封禅第二十二》改题为“议封禅”，正文文字可能也已部分或全部修改，时间在1914年年底前，也可能早至辛亥前，当然从太炎原想把它作为《检论》一篇而言，最可能是囚居时所改。而最终并入《原教》第8至12自然段，应是手稿本交付朱希祖以后的事。

手稿本拟目（同时也是第三册）中的《正议》《思葛》《伸桓》三篇“别出”文字，当是拟目之后即写，故它们成为接续第二册之后的第三册起首几篇的文字。而《非所宜言》至《近思》诸篇，因接以上诸篇之后，亦当同时，其下限皆在交付朱希祖之前。

之所以将各篇修改撰作与朱希祖联系，是因为手稿本最终从朱希祖家族流出，则手稿经朱希祖之手无疑。1915年4月24日，太炎致朱希祖函云：“逖先足下：心孚处信想已寄去，彼处仍无复信，抄写无人，断难于六月出版。刻《国故论衡》，改订已了，正可抄写；《检论》亦在改订，正可递抄。”[14]此函主要谈两书抄写事宜。《国故论衡》改订已了，《检论》正在改订，情况不同，所以《论衡》是“正可抄写”，《检论》只能“递抄”。所谓“递抄”，似是已写者先抄清，后写者再递给清抄，如再有修改，再请清抄。这是清代学者的著书传统，可为“递抄”作注脚。太炎致函说心孚无复信，“抄写无人”，而《检论》“正可递抄”，此时致函朱希祖，显然有请朱希祖抄或请朱觅人代抄之意。太炎此函后有“足下能来商榷更好”一语。太炎囚居北京，朱希祖已在北大任教。据马叙伦回忆，当时看管虽严，“唯朱逖先可以出入无阻”[15]。且太炎1914年冬绝食前，呼朱至榻前，“授以生平著述草稿”[16]。可以想见两人关系之密切与往来之频繁。当太炎移居钱粮胡同后，朱住朝阳门内大街吉兆胡同，距东城区钱粮胡同一箭之遥，步行可达。估计4月24日后不多久，朱曾前往太炎囚居处，手稿即转到朱手中。无论如何，手稿本最终在朱希祖处，这样推测合情入理。

由于四册手稿是太炎新撰，有涂改，故此稿最后肯定需要录副抄出，否则无法付梓。上文所引同年12月太炎致龚函说，“但《检论》既可木刻，原稿须速取回”，此所谓《检论》原稿必是清抄稿，则手稿本存朱处抄写，在夏秋之间当已完成，留下时间供刊工镌刻。清稿已付梓，手稿留于学生处，情理所常。又因《检论》系从《訄书》中文章选编并加新撰而成，其手稿都是重订本、北图本《訄书》所无的新增文章，所以罗香林将新撰文章手稿本题为《章太炎先生检论补编手稿》，亦名实相符。

还有一个可以区隔《检论》篇章和修改文字的凭证就是手稿本附页的目录（见图5）。

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