公元七世纪初叶，穆罕默德在阿拉伯半岛创立了伊斯兰教。七世纪中期，阿拉伯、波斯和中亚的穆斯林商人、士兵及学者，通过海陆的“丝绸之路”将伊斯兰教传入中国。随着伊斯兰教在中国的传播和发展，大量阿拉伯人和波斯人留居中国，他们中不少人久居不归，与当地居民通婚，繁衍后代，逐渐形成了一个特殊的信仰群体。他们按照自己的信仰和风俗习惯生活，在当地兴建清真寺，开展宗教活动。

杭州自隋代设置州治后，随着大运河的开通，很快成为我国东南水陆交通的枢纽。及至晚唐和吴越时期，杭州成为“咽喉吴越，势雄江海”[i]的东南名郡，其“邑屋之繁会，江山之雕丽，实江南之胜概也。”[ii]经济发展，商业繁荣，海外贸易迅速发展。北宋初，杭州设置市舶司，和广州、明州合称为“三司”，成为当时对外贸易的重要港口，“凡大食、古逻、阇婆、占城、勃泥、麻逸、三佛齐诸番并通贸易。”[iii]不少阿拉伯客商寄居杭州，聚居在当时的保佑坊、文锦坊、羊坝头一带。旧时中河上的桥就有以“回回桥”、“回回新桥”等命名的。南宋时，伊斯兰教先贤波斯人卜合提亚尔及两高徒到杭州传播伊斯兰教，并以医学济世，归真（逝世）后，葬于杭州，至今尚存奠基石二方。

元代，大量的伊斯兰教徒涌入杭州，元末明初陶宗仪《辍耕录》载：“杭州荐桥侧首，有高楼八间，俗谓八间楼，皆富实回回所居。……聚景园，回回丛冢在焉。”[iv]《伊本·白图泰游记》也载：“（杭州）全城分为六个城市，……第三城，穆斯林们在此城内，城市美丽，市街布局如伊斯兰地区的一样。……该城的穆斯林很多。”[v]伊斯兰教徒的聚集，礼拜寺修缮、兴建成为必然之势。《伊本·白图泰游记》中透露出杭城在元代时有多个清真寺，“（第三城）内有清真寺和宣礼员，进城时正当为晌礼宣礼时，声闻远近。……（埃及人欧斯曼·伊本·安法尼的子孙）有一道堂，亦以欧斯曼尼亚著名，建筑美丽，慈善基金很多，内有一批苏非修道者。欧斯曼还在该城修建一个清真大寺，捐赠该寺和道堂大量慈善基金。”[vi]可惜，这些精美的建筑物至今大多不存，仅留下凤凰寺一个孤证。

凤凰寺，又名礼拜寺、真教寺、回回堂，是我国早期伊斯兰教清真寺之一，与广州怀圣寺（狮子寺）、泉州圣友寺（麒麟寺）、扬州仙鹤寺并称为我国东南沿海四大著名清真古寺。

根据文献资料和凤凰寺所藏碑石记载推论，凤凰寺至迟在宋时已经存在，元代由伊斯兰教大师阿老丁（Ala al-Din）捐资重建，延佑年间（1314-1320年）建成。明景泰间重修，“……住持掌教，……为图兴起，……捐金帛以充土木之费，以始于大明景泰辛末正月，讫工于今年癸酉六月，视旧规，为增广。”[vii]清代又相续重修。清顺治丙戌（1646年）“苏公捐俸所鼎新也，……每经寺门，即有陵口沧桑之感，于是庀材鸠工，阅岁半而告成。”[viii]清乾隆初“鸠工庀材，丹楹刻桶重施黝垩，不半载而美伦美奂，灿然一新”。[ix]清光绪中，有王氏夫人，临寺瞻礼，见寺院：“柱折梁侵，颇多损坏，慨然兴整作之思焉，……勉输钜资，慨肩重任，鸠工庀材，选达事者以经纪之，越数月而楹刻桶，焕然改观。”[x]民国十七年（1928年），杭州辟建中心马路（今中山中路），拆除了寺的照壁、寺门、寺内望月楼、长廊及门前的一对石马。之后又有修建，2009年凤凰寺依原貌重建了寺门、望月楼，基本恢复原有规模。